Poboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja

završni rad

• Naslov (engleski): Genome Scaffolding Using Statistical Analysis of Hi-C Sequencing
• Autor: Josip Meter
• Mentor: Krešimir Križanović (mentor)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Josip Marić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2022-06-27, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Prilikom sekvenciranja gena, nije moguće sastaviti cijeli genom. Umjesto toga dobivamo manja očitanja koja nazivamo kontizi. Koriste se razne metode tehnike sastavljanja genoma iz kontiga, među kojima je i Hi-C sekvenciranje. Hi-C sekvenciranje se temelji na gustoći kromatinskih veza između kontiga. Kromatinske veze su gušće između bližih dijelova genoma, a gustoća linearno opada s udaljenošću. Postoji algoritam sastavljanja genoma pomoću Hi-C sekvenciranja koji se sastoji od tri koraka. U prvom koraku kontige raspoređujemo po kromosomima. U drugom koraku određujemo redoslijed kontiga unutar kromosoma. U trećem koraku orijentiramo kontige unutar kromosoma. Program je testiran na podatcima čovjeka, te na simuliranim podatcima.

Sažetak (engleski)

While sequencing the genome we cannot assemble the whole genome. Instead, we get a set of smaller reads which we call contigs. Various methods are used to assemble the whole genome out of contigs, including Hi-C sequencing. Hi-C sequencing is based on the density of chromatin interactions between contigs. Chromatin interactions are denser between closer parts of genome, while density decreases linearly with distance. There exists an algorithm for genome assembly using Hi-C sequencing which consists of three steps. In the first step, we cluster contigs into chromosomes. In the second step, we order contigs within chromosomes. In the third step, we assign contig orientations. Program has been tested on human data and on simulated data.

• Ključne riječi: sekvenciranje; genom; kromosomi; kontizi; Hi-C; kromatinske veze; LACHESIS
• Ključne riječi (engleski): sequencing; genome; chromosomes; contigs; Hi-C; chromatin interactions; LACHESIS
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:465196
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-01-14 21:10:44