Poboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja

undergraduate thesis

• Title (english): Genome Scaffolding Using Statistical Analysis of Hi-C Sequencing
• Author: Josip Meter
• Mentor: Krešimir Križanović (mentor)
• Committee member: Krešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
• Committee member: Mile Šikić (član povjerenstva)
• Committee member: Josip Marić (član povjerenstva)
• Granter: University of Zagreb; Faculty of Electrical Engineering and Computing; Zagreb
• Defense date and country: 2022-06-27, Croatia
• Scientific / art field, discipline and subdiscipline: TECHNICAL SCIENCES; Computing

Abstract

Prilikom sekvenciranja gena, nije moguće sastaviti cijeli genom. Umjesto toga dobivamo manja očitanja koja nazivamo kontizi. Koriste se razne metode tehnike sastavljanja genoma iz kontiga, među kojima je i Hi-C sekvenciranje. Hi-C sekvenciranje se temelji na gustoći kromatinskih veza između kontiga. Kromatinske veze su gušće između bližih dijelova genoma, a gustoća linearno opada s udaljenošću. Postoji algoritam sastavljanja genoma pomoću Hi-C sekvenciranja koji se sastoji od tri koraka. U prvom koraku kontige raspoređujemo po kromosomima. U drugom koraku određujemo redoslijed kontiga unutar kromosoma. U trećem koraku orijentiramo kontige unutar kromosoma. Program je testiran na podatcima čovjeka, te na simuliranim podatcima.

Abstract (english)

While sequencing the genome we cannot assemble the whole genome. Instead, we get a set of smaller reads which we call contigs. Various methods are used to assemble the whole genome out of contigs, including Hi-C sequencing. Hi-C sequencing is based on the density of chromatin interactions between contigs. Chromatin interactions are denser between closer parts of genome, while density decreases linearly with distance. There exists an algorithm for genome assembly using Hi-C sequencing which consists of three steps. In the first step, we cluster contigs into chromosomes. In the second step, we order contigs within chromosomes. In the third step, we assign contig orientations. Program has been tested on human data and on simulated data.

• Keywords: sekvenciranje; genom; kromosomi; kontizi; Hi-C; kromatinske veze; LACHESIS
• Keywords (english): sequencing; genome; chromosomes; contigs; Hi-C; chromatin interactions; LACHESIS
• Language: croatian
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:465196
• Study programme: Title: Computing; Study programme type: university; Study level: undergraduate; Academic / professional title: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva)
• Type of resource: Text
• File origin: Born digital
• Access conditions: Closed access
• Created on: 2023-01-14 21:10:44