Preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja

diplomski rad

• Naslov (engleski): Overlapping Single Molecule High-Fidelity Sequencing Data
• Autor: Dario Babojelić
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ana Sović Kržić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2020-07-13, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Pacific Biosciences je nedavno predstavio novu tehnologiju za sekvenciranje dugačkih očitanja. Za razliku od dotadašnjih tehnologija za dugačka očitanja, nova jednomolekularna visoko pouzdana tehnologija stvara očitanja visoke točnosti koja se zato nazivaju \textit{HiFi (High-Fidelity)} očitanja. Trenutne metode za analizu DNA očitanja nisu prilagođene za rad nad visoko pouzdanim dugačkim očitanjima.
Tema ovog rada je pronalazak novih i nadogradnja starih metoda za pronalazak preklapanja i mapiranja koje će efikasnije koristiti nova visoko pouzdana očitanja.

Sažetak (engleski)

Recently, Pacific Biosciences improved their sequencing chemistry and sequencer performance, which resulted in a novel protocol enabling high-fidelity (HiFi) fragments.
These single molecule real-time HiFi reads offer high accuracy while maintaining the length of longer reads.
Current state of the art software for analyzing DNA reads were not developed to utilize that.
The main subject of this thesis is exploiting the length and accuracy of HiFi reads. New methods, which adapt less sensitive approaches, for finding overlaps and mapping of DNA HiFi reads are explored and tested.

• Ključne riječi: bioinformatika; DNA očitanja; preklapanja; mapiranje; PacBio; HiFi
• Ključne riječi (engleski): bioinformatics; DNA reads; overlap; map; PacBio; HiFi; minimizer
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:619320
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-01-13 11:42:05