Poravnanje RNA očitanja na poznate gene

završni rad

• Naslov (engleski): RNA-seq alignment using existing gene anotation
• Autor: Ivan Krpelnik
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Robert Vaser (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2016-07-11, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

RNA sekvenciranje je metoda za analizu transkriptoma. Analizom transkriptoma u
nekom trenutku dobivamo uvid u stanje organizma i mogućnost identificiranja
regija genoma koje su odgovorne za različite funkcije. U ovom radu je prikazano
proširenje alata u svrhu poravnanja RNA očitanja na poznate gene.
Osim toga, opisani su osnovni mehanizmi u sekvenciranju nanoporama, te neke
druge tehnologije korištene za sekvenciranje i poravnanje. Dan je i pregled
formata datoteka koje su korištene za spremanje anotacija eksonski regija,
spremanje genoma i transkriptoma i spremanje podataka o poravnanjima.

Sažetak (engleski)

RNA sequencing is a method used for transcriptome analysis. Transcriptome
analysis provides us with insight into the state of cells. There is a
possibility of identifying regions of a genome in order to determine which
regions are responsible for which functions and which regions are active in a
state of disease. This thesis describes an upgrade to alignment tool
that should make alignment of RNA reads using existing gene annotation possible.
Besides the mentioned upgrade, thesis describes different technologies used in
sequencing, other alignment tools and file formats used to store information
about genome and transcriptome.

• Ključne riječi: RNA; poravnanje; GraphMap; Geni; Genom; Transkriptom; Nanopore; SAM; GTF; FASTA; bioinformatika
• Ključne riječi (engleski): RNA; alignment; GraphMap; Genes; Genome; Transcriptome; Nanopore; SAM; GTF; FASTA; bioinformatics
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:396403
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-02-06 09:57:22