Grupiranje proteina korištenjem algoritma k-sredina

završni rad

• Naslov (engleski): Protein clustering using k-means algorithm
• Autor: Dora Tomić
• Mentor: Mirjana Domazet-Lošo (mentor)
• Član povjerenstva: Mirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Fertalj (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Igor Mekterović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2021-07-05, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Tema ovog završnog rada je bila implementacija algoritma k-sredina u programskom jeziku Python radi grupiranja proteinskih sljedova. U radu je prvo objašnjen pojam grupiranja, a potom i najpoznatije vrste algoritama kojima se ono provodi. Zatim je posebno obrađen algoritam k-sredina, njegova svojstva i način izvođenja. U drugom dijelu rada obrađen je postupak prikupljanja i sređivanja podataka iz proteinskih sljedova HIV-a. Objašnjena je aplikacija BLAST+ koja je korištena za dobivanje informacije o međusobnoj udaljenosti proteina na temelju kojih je obavljeno grupiranje proteina. Posljednji dio rada prikazuje implementaciju algoritma. Naposljetku su grafovima prikazani rezultati grupiranja podataka.

Sažetak (engleski)

The topic of this thesis was the implementation of the k-means algorithm in the Python programming language for grouping protein sequences. I first explain the clustering concept and then the most well-known types of clustering algorithms. I present in more detail the k-means algorithm and its properties. The second part of the thesis deals with the process of collecting and organizing data from HIV protein sequences. I also explain the BLAST+ application, which I used to obtain information about the protein distances. In the last part of the thesis, I show the algorithm implementation and the results of data clustering.

• Ključne riječi: grupiranje; algoritam k-sredina; centroid; protein
• Ključne riječi (engleski): clustering; algorithm k-means; centroid; protein
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:773355
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-01-14 21:52:21