Grupiranje proteina korištenjem algoritma k-sredina

undergraduate thesis

• Title (english): Protein clustering using k-means algorithm
• Author: Dora Tomić
• Mentor: Mirjana Domazet-Lošo (mentor)
• Committee member: Mirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
• Committee member: Krešimir Fertalj (član povjerenstva)
• Committee member: Igor Mekterović (član povjerenstva)
• Granter: University of Zagreb; Faculty of Electrical Engineering and Computing; Zagreb
• Defense date and country: 2021-07-05, Croatia
• Scientific / art field, discipline and subdiscipline: TECHNICAL SCIENCES; Computing

Abstract

Tema ovog završnog rada je bila implementacija algoritma k-sredina u programskom jeziku Python radi grupiranja proteinskih sljedova. U radu je prvo objašnjen pojam grupiranja, a potom i najpoznatije vrste algoritama kojima se ono provodi. Zatim je posebno obrađen algoritam k-sredina, njegova svojstva i način izvođenja. U drugom dijelu rada obrađen je postupak prikupljanja i sređivanja podataka iz proteinskih sljedova HIV-a. Objašnjena je aplikacija BLAST+ koja je korištena za dobivanje informacije o međusobnoj udaljenosti proteina na temelju kojih je obavljeno grupiranje proteina. Posljednji dio rada prikazuje implementaciju algoritma. Naposljetku su grafovima prikazani rezultati grupiranja podataka.

Abstract (english)

The topic of this thesis was the implementation of the k-means algorithm in the Python programming language for grouping protein sequences. I first explain the clustering concept and then the most well-known types of clustering algorithms. I present in more detail the k-means algorithm and its properties. The second part of the thesis deals with the process of collecting and organizing data from HIV protein sequences. I also explain the BLAST+ application, which I used to obtain information about the protein distances. In the last part of the thesis, I show the algorithm implementation and the results of data clustering.

• Keywords: grupiranje; algoritam k-sredina; centroid; protein
• Keywords (english): clustering; algorithm k-means; centroid; protein
• Language: croatian
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:773355
• Study programme: Title: Computing; Study programme type: university; Study level: undergraduate; Academic / professional title: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva)
• Type of resource: Text
• File origin: Born digital
• Access conditions: Closed access
• Created on: 2023-01-14 21:52:21