Popravljanje grešaka u očitanjima čuvajući informaciju o haploidu

diplomski rad

• Naslov (engleski): Haploid Aware Read Error Correction
• Autor: Tvrtko Brekalo
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ivica Botički (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2022-07-01, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

U ovom radu obradili smo metode ispravljanja očitanja DNA sekvenci uzimajući u obzir informacije o haploidu s kojeg podaci potječu unutar diploidnog organizma. Ustvrdili smo da već ́ razvijeni alati bez uzimanja u obzir ploidnost skupa podataka vrlo dobro čuvaju informacije o ploidnosti, no otkrili smo da postoji poboljšanje kod podjele očitanja na prozore nad kojima se obavlja ispravljanje grešaka.

Sažetak (engleski)

We explored novel methods for error correction of DNA sequencing reads while
preserving the haploid information. Unfortunately we came short in out performing
state of the art tools which not by design manage to preserve a good chunk of
haploid information. The upside is that we showed how alternative devision
of reads into correction windows leads to better results.

• Ključne riječi: bioinformatika; c++; poa; diploid; haploid; SIMD
• Ključne riječi (engleski): bioinformatics; c++; partial order alignment; SIMD; error correction; phas- ing
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:242758
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-01-14 08:35:57