Alat za mapiranje podataka dobivenih RNA sekvenciranjem

diplomski rad

• Naslov (engleski): RNA-seq mapper
• Autor: Igor Jerković
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mladen Vučić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Damir Seršić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2014-07-07, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

RNA sekvenciranje je metoda za analizu transkriptoma. Razumijevanje transkriptoma je izuzetno važno iz nekoliko razloga kao što su shvaćanje funkcionalnih elemenata genoma i razumijevanje razvoja pojedinih bolesti, što je samo par od mnogih mogućnosti primjene. Ovaj rad prikazuje novi algoritam za mapiranje podataka dobivenih RNA sekvenciranjem, posebice za očitanja koja se prostiru preko više eksoma. Usporedba sa trenutno najhvaljenijim i najboljim sličnim alatima kao što su Tophat i BBMap prikazana je u radu.

Sažetak (engleski)

RNA sequencing is a method for transcriptome analysis. Understanding the transcriptome is essential for various reasons such as interpreting the functional elements of the genome and undrestanding development of diseases, among many other use cases. This thesis presents a new RNA-seq spliced alignment algorithm, that uses finding the longest increasing subsequence in detecting splice sites and mapping spliced reads across exon junctions. Comparison between some of the state-of-the-art tools such as Tophat and BBMap are given.

• Ključne riječi: RNA sekvenciranje; hash; najdulji rastući podniz; bioinformatika; genom; transkriptom
• Ključne riječi (engleski): RNA sequencing; hash; longest increasing subsequence; bioinformatics; genome; transcriptome
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:238102
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-02-06 09:26:46