Protočna struktura za detekciju grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora

završni rad

• Naslov (engleski): Pipeline for Detection Clusters of Modified Nucleotides in Nanopore Sequenced RNA Reads
• Autor: Ivona Martinović
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Josip Marić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2020-07-06, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Glavna zadaća ovog rada je detekcija grupa modificiranih nukletida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora. Podaci za ovaj rad su očitanja i referenca ribozima tetrahimena, skupine I introna iz Tetrahymena. Cilj je bio integirati postojeće alate kao što su Graphmap, Minimap i Minimap2, Ram, i Racon te ih povezati python skriptama u protočnu strukturu. Kako bi se to napravilo, svi alati za poravnavanje bili su testirani. Drugačiji pristup je takod̄er proban, poravnavanje očitanja u domeni signala. Protočna struktura sastoji se od tri dijela: odabira očitanja, poliranja i detekcije grupa modificiranih nukleotida. Izvorni kod dostupan je na: https:
//github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-19-20/tree/imartinovic.

Sažetak (engleski)

The main concern of this thesis is the clustering of modified nucleotides in nanopore sequenced RNA reads. The data for this thesis are reads and the reference from the tetrahymena ribozyme, a group I intron from Tetrahymena. The goal was to integrate existing tools such as Graphmap, Minimap and Minimap2, Ram, and Racon and link them with python scripts into a pipeline. To do this, all of the alignment tools were tested. A different approach for alignment was also tried out, aligning the reads in the signal domain. The pipeline was implemented in three parts: read selection, polishing and clustering of modified nucleotides. Source code is available at: https:
//github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-19-20/tree/imartinovic.

• Ključne riječi: RNA; protočna struktura; nanopore; modifikacije; sklearn; poravnavanje
• Ključne riječi (engleski): RNA; pipeline; nanopores; modifications; sklearn; alignment
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:617498
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-01-14 09:28:38