Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja

diplomski rad

• Naslov (engleski): Rapid overlapping of Single Molecule High-Fidelity Sequencing Data
• Autor: Suzana Pratljačić
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ana Sović Kržić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2021-07-09, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Tvrtka Pacific Bioscience 2019. godine predstavila je novu tehnologiju sekvenciranja visoko pouzdanih fragmenata koja kombinira koncepte korištene za sekvenciranje tradicionalnih kratkih i dugačkih očitanja s greškama. Visoko pouzdani fragmenti karakterizirani su velikom duljinom i visokom točnosnu. Činjenica da podatci imaju jako mali broj grešaka može se koristiti za osmišljavanje algoritama koji su manje osjetljivi na pogreške. U ovom radu predstavit ćemo algoritam za mapiranje visoko pouzdanih fragmenata. Algoritam koristi sufiksno polje i seed-chain-align proceduru. Analizirat ćemo performanse i točnost razvijenog alata i usporediti ga sa suvremenim algoritmima za mapiranje.

Sažetak (engleski)

In 2019, Pacific Bioscience introduced highly accurate long-read sequencing (HiFi sequencing), a paradigm that combines concepts from traditional short and long error-prone reads technologies. Long lengths and high base-level resolution characterize the HiFi fragments. These characteristics can be utilized to design algorithms that are less sensitive to errors. In this article, we present the novel algorithm for HiFi reads mapping. The algorithm is based on suffix arrays and a standard seed-chain-align procedure. We will analyze the performance and accuracy of the developed tool and compare it to state-of-the-art algorithms.

• Ključne riječi: Visoko pouzdana jednomolekularna ocitanja; sufiksno polje
• Ključne riječi (engleski): HiFi PacBio reads; DNA sequencing; suffix array
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:100082
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-01-13 13:33:15