Prepoznavanje mikroba uporabom obrade signala i lokalno osjetljivog raspršenog adresiranja

diplomski rad

• Naslov (engleski): Microbe Detection Using Signal Processing and Locality Sensitive Hashing
• Autor: Mate Paulinović
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Damir Seršić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2020-07-13, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Naše spoznaje o interakcijama ljudi i mikroskopskih organizama se nepresetano razvijaju.
Iz tog razloga izrazito je važno moći ih prepoznati i identificirati.
Cilj ovog rada bio je razviti rješenje za detekciju mikroba koristeći obradu signala i lokalno osjetljivo raspršeno adresiranje.
Predstavljamo rješenje koje se sastoji od detekcije događaja, kontinuirane valićne transformacije, kombinatornog raspršenog adresiranja i MinHash lokalno osjetljivog raspršenog adresiranja.
Rješenje je testirano na generiranom skupu podataka sa svrhom utvrđivanja kako tip i dužina signala utječu na izvođenje te na podskupu javno dostupnog Zymo mock community standard skupa podataka.

Sažetak (engleski)

Our knowledge of the interaction between humans and the microscopic lifeforms is constantly evolving.
For this reason, our ability to detect and identify them is of paramount importance.
The goal of this thesis was to develop a microbe detection solution using signal processing and locality sensitive hashing.
We present a solution consisting of event detection, the continuous wavelet transform, combinatorial hashing and MinHash locality sensitive hashing.
This solution was tested on a generated dataset to determine how signal types and signal lengths impact its performance as well as a subset of the publicly available Zymo mock community standard dataset.

• Ključne riječi: bioinformatika; metagenomika; valićna transformacija; lokalno osjetljivo raspršeno adresiranje; minhash; obrada signala
• Ključne riječi (engleski): bioinformatics; metagenomics; wavelet transform; locality sensitive hashing; minhash; signal processing
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:163546
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-01-13 13:24:26