Poliranje DNA slijeda koristeći metode dubokog učenja

završni rad

• Naslov (engleski): DNA Sequence Polishing Using Deep learning
• Autor: Lovro Vrček
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Josip Marić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2019-07-16, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Cilj ovog rada bio je implementirati model temeljen na dubokom uˇcenju koji bi
pove´cao toˇcnost sastavljenog genoma. Konstruirani model temelji se na arhitekturi
rezidualne neuronske mreže te postiže toˇcnost ve´cu od trenutno najboljih alata temeljenih
na klasiˇcnom raˇcunarstvu, no zaostaje ne nadmašuje najbolje alate temeljene na
dubokom ucˇenju. Med¯utim, zbog ogranicˇenja u vidu prostora za pohranu podataka i
vremena treniranja modela, detaljnija analiza tek treba biti napravljena za više bakterijskih
uzoraka i razliˇcite arhitekture mreže.

Sažetak (engleski)

Goal of this work was to implement a deep learning model in order to increase
the accuracy of the assembled genome. This model is based on a residual network
architecture and achieves higher accuracy than classical state-of-the-art tools, but falls
behind the best deep-learning tools available. However, due to limitations in terms
of storage and time for training the model, further analysis has to be conducted for
different bacteria datasets and network architectures.

• Ključne riječi: sastavljanje genoma; konsenzus; duboko učenje
• Ključne riječi (engleski): genome assembly; consensus; deep learning
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:755208
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2020-01-07 22:57:56