Gornja granica u sastavljanju genoma

završni rad

• Naslov (engleski): Upper Bound Genome Assembly Construction
• Autor: Luka Požega
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Robert Vaser (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2019-07-12, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

U ovom radu je opisan alat za računanje gornje granice u sastavljanju genoma. U potpunosti je napisan u jeziku C++ i testiran na nekoliko skupova podataka. Alat ispisuje postotak pokrivenosti genoma ovisno o ulaznim podacima dobivenih sekven-ciranjem. Također se kreira i datoteka u GFA format koja služi za sastavljanje grafa. U radu je korišteno nekoliko algoritama poput sweep line algoritma, pretraživanja u dubinu i Needleman–Wunsch algoritma. Testiran je na dva skupa podataka: genomu bakterije Escherichie coli i kvascu Saccharomyces cerevisiae. Glavnu primjenu c ́e nac ́i u evaluiranju kvalitete podatak dobivenih sekvenciranjem, kao i kod evaluiranja drugih alata za sastavljanje genoma.

Sažetak (engleski)

In this thesis, a tool for genome upper bound assembly was created. It was fully written in C++ and tested on couple of datasets. Tool outputs percentage of the genome coverage that is possible to build in an ideal case considering sequenced data provided at the input. It also creats a graph file in GFA format. Algorithms like sweep line, depth-first search and Needleman–Wunsch were implemented. Tool was tested on datasets of Escerichia coli and yeast Saccharomyces cerevisiae. It might be mainly used in evaluating quality of the sequenced data and other de novo assembly methods.

• Ključne riječi: gornja granica; sastavljanje genoma; graf
• Ključne riječi (engleski): upper bound; genome assembly; graph
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:331139
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2020-01-07 21:31:54