Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima

završni rad

• Naslov (engleski): A Benchmark of Tools for Metagenomic Species Identification
• Autor: Josipa Lipovac
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Josip Marić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2019-07-12, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Metagenomika jest relativno novo područje bioinformatike koje se bavi proučavanjem uzoraka preuzetih direktno iz prirode. Veliku primjenu ima u analizi i održavanju ljudskog zdravlja. U toj primjeni svoju ulogu igra sama identifikacija vrsta u metagenomskim uzorcima za koju se koriste alati kao što su Kraken, MetaPhlAn2 te CLARK. Za ispitivanje njihove funkcionalnosti osmišljena su dva različita testna skupa podataka, skup kratkih i skup dugih očitanja. Nakon simulacije tih testnih skupova, provela se klasifikacija uzoraka. Kraken se pokazao kao alat koji klasificira velik broj sekvenci, no točnost te klasifikacije mu je bila lošija. CLARK je klasificirao manji broj sekvenci, no točnost te klasifikacije bila je na visokoj razini. Kod alata MetaPhlAn2 klasificiralo se neznatno malo sekvenci, a daljnja evaluacija za taj alat je izostavljena.

Sažetak (engleski)

Metagenomics is a relatively new area of bioinformatics that deals with the study of samples taken directly from nature. It has great application in analyzing and maintaining human health. Here identification of metagenomic species has great role using tools like Kraken, MetaPhlAn2 and CLARK. To test their functionality, two different sets of data were created, a set of short and long readings. After the simulation of these test sets, the sample classification was performed. Kraken proved to be a tool that classifies a large number of sequences, but the accuracy of that classification gave bad results. CLARK has classified a lower number of sequences, but the accuracy of this classification was high. MetaPhlAn2 classified little number of sequences, and further evaluation of that tool was omitted.

• Ključne riječi: metagenomika; Kraken; CLARK; MetaPhlAn2; ocjena alata
• Ključne riječi (engleski): metagenomics; Kraken; CLARK; MetaPhlAn2; benchmark
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:843242
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2020-01-07 19:42:57