Alat za globalno poravnavanje sekvenci

diplomski rad

• Naslov (engleski): Global sequence alignment tool
• Autor: Goran Žužić
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Damir Seršić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mirjana Domazet-Lošo (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2015-02-16, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Ovaj rad predlaže bioinformatički alat za poravnavanje cijelog genoma. Dano je detaljno objašnjenje algoritma te usporedba s drugim renomiranim alatima koji rješavaju slični problem poput MUMmer-a i BLASR-a. Dobiveni algoritam se pokazao kao vrlo efikasan, usporediv s alatom MUMmer, iako uz manju mjeru osjetljivosti.

Sažetak (engleski)

This thesis proposes a bioinformatics tool that can be used for whole genome alignment. A detailed description of the algorithm is provided and compared to well-established tools like MUMmer and BLASR. The algorithm proves to be highly efficient, comparable to MUMmer, although with lower sensitivity.

• Ključne riječi: bioinformatika; poravnanje sekvenci; sufiksni nizovi; LCSk++; rijetko dinamičko programiranje
• Ključne riječi (engleski): bioinformatics; sequence alignment; suffix arrays; LCSk++; sparse dynamic programming
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:948363
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-03-14 02:29:30