Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja

diplomski rad

• Naslov (engleski): Protein Database Search Using Partial Order Alignment
• Autor: Petar Žuljević
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Damir Seršić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2018-07-05, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Pretraživanje proteinskih baza jedan je od temeljnih problema u bioinformatici za koji su razvijene različite egzaktne i heuristične metode. Iako je vrijeme izvođenja heurističnih alata nekoliko reda veličine manje od najpoznatijeg i najkorištenijeg alata BLAST, niti jedan alat ne konkurira alatu BLAST po senzitivnosti. Cilj ovog rada je implementirati novu egzaktnu metodu za lokalno poravnanje proteina temeljenu na djelomično uređenom poravnanju (partial order alignment ili kraće POA). U idealnom slučaju, implementirana metoda bi trebala po brzini izvođenja konkurirati alatu BLAST. Glavna ideja ove metode je grupiranje proteina iz proteinske baze kako bi se smanjio prostor pretraživanja, tj. poravnanje svakog proteina iz upita sa svakim u bazi. Grupe u ovom smislu su djelomično uređeni grafovi koji sadrže slične proteine. Pretraživanje baze se tada svodi
na poravnanje proteina iz upita sa svakim grafom u bazi, tj. višestruko poravnanje sekvenci (multiple sequence alignment ili MSA). Kada se odrede grafovi s najboljim poravnanjima, iz samih grafova se izdvoje zasebna poravnanja. Rješenje mora biti napisano u C++ jeziku, programski kod komentiran te prilikom pisanja pratiti stil opisan u Googleovom C++ vodiču. Kompletnu aplikaciju postaviti na GIT pod jednom od OSi odobrenih licenci.

Sažetak (engleski)

Protein database search is one of the fundamental challenges in bioinformatics. Today we know exact and heuristic methods. The goal of this thesis is to implement new method to achieve alignment based on partial order alignment.

• Ključne riječi: proteini; pretraga
• Ključne riječi (engleski): protein; search
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:689373
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-03-14 02:28:37