De novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja

diplomski rad

• Naslov (engleski): De Novo Metagenome Assembly Using Read Clustering
• Autor: Luka Škugor
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Marko Subašić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2018-07-05, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Kod metagenomskog sastavljanja, suočeni smo s mnogim dodatnim izazovima u odnosu na sastavljanje jednog genoma.
U ovom radu, pokušali smo riješiti ove probleme grupiranjem segmenata koje proizvode alati treće generacije za sekvenciranje.
U idealnom slučaju, to bi omogućilo korištenje postojećih de novo alata za sastavljanje genoma na metagenomskom uzorku.
Naša implementacija grupiranja je donekle poboljšala postojeće alate za de novo sastavljanje kod primjene na metagenomskom uzorku, no još uvijek su potrebna daljnja istraživanja.
Izvorni kod rješenja dostupan je na adresi https://github.com/lukadante/rala-cluster.

Sažetak (engleski)

Metagenomic assembly poses many additional challenges over single genome assembly.
In this work, we tried tackling these issues by clustering reads produced by third-generation sequencing tools.
In an ideal case, this would allow the use of existing de novo assembly tools for single genome assembly on metagenomic input.
Our clustering implementation showed some improvement of existing tools for de novo assembly when using them for metagenome assembly, but still requires a lot of research.
The source code of the solution is available at https://github.com/lukadante/rala-cluster.

• Ključne riječi: metagenomsko sastavljanje; grupiranje; DNA
• Ključne riječi (engleski): metagenome assembly; clustering; DNA
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:989610
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-03-14 01:20:47