Analiza metagenomskog uzorka dobivenog sekvenciranjem koristeći uređaje treće generacije

završni rad

• Naslov (engleski): Analysis of a Metagenomic Sample Obtained by Third Generation Sequencing Technology
• Autor: Marina Rupe
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Robert Vaser (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2017-07-10, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Brza i jeftina analiza metagenomskog uzorka korisna je za kontrolu kvalitete hrane,
dijagnozu bolesti i utvrd̄ivanje štetnih nametnika na biljkama. Tradicionalne labora-
torijske metode su ili dugotrajne ili namijenjene za samo jednu vrstu. Korištenjem
ured̄aja treće generacije dobivaju se očitanja koja su puno dulja, no sadrže i znatno
veći postotak pogrešaka. Implementiran je alat koji utvrd̄uje koji su organizmi prisutni
u metagenomskim uzorcima dobivenenima koristeći upravo ured̄aje treće generacije.
Alat u prvom koraku pronalazi sve organizme čiji genetski materijal nalikuje očita-
njima iz uzorka, a zatim u drugom koraku analizira rezultate iz prvog koraka i utvrd̄uje
koji su organizmi prisutni u zadanom uzorku.

Sažetak (engleski)

A fast and inexpensive analysis of metagenomic samples is useful for food quality
control, medical diagnosis and identifying harmful plant parasites. Traditional labo-
ratory methods are either time-consuming or designed for a specific species. Third-
generation devices produce reads that are much longer, but also have a significantly
higher error rate. A tool is implemented to determine which organisms are present in
metagenomic samples obtained via third-generation devices. In its first step, the tool
finds all organisms whose genetic material resembles that of the sample’s reads. Af-
terwards, in the second step, the tool analyzes the first step’s results and determines
which organisms are present in the given sample.

• Ključne riječi: metagenomika; patogeni; dijagnostika
• Ključne riječi (engleski): metagenomics; pathogens; diagnostics
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:349673
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-03-14 00:33:22