Praćenje stanica u mikroskopskim snimkama

završni rad

• Naslov (engleski): Cell tracking in microscopic sequences
• Autor: Domagoj Razum
• Mentor: Igor Lacković (mentor)
• Član povjerenstva: Igor Lacković (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Dominik Džaja (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Goran Šeketa (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2018-07-13, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Elektrotehnika

Sažetak

U ovom radu ukratko su objašnjene metode detekcije, klasifikacije i praćenja objekata u
video snimkama. Rad se fokusira na praćenje i analizu oblika i kretanja stanica u
mikroskopskim snimaka. Analizirani su neki od dostupnih programa (iTrack4U, TrackMate)
za automatsko praćenje stanica, te su opisane njihove funkcionalnosti i statistički podatci
koje mogu izračunati analizom kretnja stanica. Poboljšane su mogućnosti programa
CellTracker i to tako da je implementiran algoritam za izračun površine stanice koja se prati
i omogućeno je crtanje obrisa svih vidljivih stanica unutar slike. Korištene su javno dostupne
mikroskopske snimke i video snimke in vitro kultura živčanih matičnih stanica. Prikazani su
rezultati obrisa i izračunate površine stanica na slikama različitih složenosti. Opisani su i
problemi koji se javljaju prilikom obrade ovakvih slika.

Sažetak (engleski)

This thesis briefly explains object detection, classification and tracking methodologies in
video sequences. The focus of the work is on cell tracking and, movement and shape analysis in microscopic sequences. Some of the available programs for automatic cell tracking have been analysed (iTrack4U, TrackMate), including their functionalities and statistical data that can be calculated based on cell movement analysis. Functionalities of CellTracker image processing software was improved by implementing an algorithm for calculating tracked cell surface area, as well as the drawing of cell contour of all visible cells in the image. Publicly available microscopy image sequences and in vitro culture of neural stem cells were used. As a result, cell contour and calculated cell surface area were shown on images of different complexity. Moreover, various difficulties during image processing were described.

• Ključne riječi: obrada slike; praćenje stanica; detekcija objekata; kontura objeka
• Ključne riječi (engleski): image processing; cell tracking; object detection; object contour
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:957579
• Studijski program: Naziv: Elektrotehnika i informacijska tehnologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka elektrotehnike i informacijske tehnologije (univ. bacc. ing. el. techn. inf.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-03-14 00:23:56