Algoritam za računanje profila pogreške za tehnologije za sekvenciranje treće generacije

diplomski rad

• Naslov (engleski): Computing the Error Profiles of Third Generation Sequencing Technologies
• Autor: Lucija Megla
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ana Sović Kržić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2017-07-10, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Kada se očitanja sastavljaju u duži redoslijed nukleotida i napokon u konsenzus, cilj
je reproducirati konsenzus koji je što sličniji referenci. Oxford Nanopore Technologies
imaju problema kod sekvenciranja homopolimera. Stoga je razvijen alat koji računa pro-
file pogreške homopolimera. Koristeći profile pogrešaka, istrenirani su algoritmi strojnog
učenja kako bi predvidjeli stvarnu duljinu homopolimera. U skladu s tim, konsenzus je mi-
jenjan kako bi bio što sličniji referenci.

Sažetak (engleski)

When reads are assembled into a longer sequence and finally into a consensus, the goal
is to reproduce a consensus that is as similar to the reference as possible. Oxford Nanopore
Technologies have issues when sequencing homopolymers. That is why we developed a
tool where we found error profiles of homopolymers. Using error profiles we trained ma-
chine learning algorithms to predict the real length of homopolymers. Then we altered the
consensus accordingly, in order to reach reference sequence.

• Ključne riječi: homopolimeri; profili pogrešaka; Oxford Nanopore Technologies; strojno učenje
• Ključne riječi (engleski): homopolymers; error profiles; Oxford Nanopore Technologies; machine learning
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:445432
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-03-13 22:56:43