Primjena skrivenih Markovljevih modela za pretraživanje nukleotidnih sljedova

završni rad

• Naslov (engleski): Application of Hidden Markov Models for Searching Nucleotide Sequences
• Autor: Krešimir Medvidović
• Mentor: Mirjana Domazet-Lošo (mentor)
• Član povjerenstva: Mirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Damir Kalpić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Igor Mekterović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2017-07-10, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

U ovom radu sam se pobliže upoznao s Markovljevim modelima i njihovom primjenom u bioinformatici. Nakon definiranja CpG otoka i skrivenih Markovljevih modela primjenio sam Viterbijev algoritam za pretragu CpG otoka u danom slijedu. Implementaciju sam napisao u programskom jeziku Java, te sam obavio testiranja ispravnosti programa, mjereći potrebno vrijeme i potrošnju radne memorije za izvođenje Viterbijevog algoritma. Dobiveni rezultati su u okvirima odstupanja od 10% u odnosu na promatrane programe CpG Islands (in VB6) i Sequence Manipulation Suite:CpG Islands.

Sažetak (engleski)

In this thesis, I addressed the application of Markov’s Models in bioinformatics. I presented the problem of finding CpG Island using hidden Markov model (HMM). I applied the Viterbi’s algorithm for searching CpG Island in the following sequence. The program was implemented in the Java programming language. The program’s accuracy, speed and consumption of memory were tested. The results are within 10% deviation compared to the observed programs CpG Islands (in VB6) and Sequence Manipulation Suite: CpG Islands.

• Ključne riječi: bioinformatika; Markovljevi modeli; skriveni Markovljevi modeli; CpG otoci; Viterbijev algoritam; nukleotidni sljedovi
• Ključne riječi (engleski): bioinformatics; Markov process; Hiden Markov Models; CpG Island; Viterbi algorithm; nucleotide sequences
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:518474
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-03-13 22:56:30