Alat za brzo pretraživanje baza proteinskih slijedova

završni rad

• Naslov (engleski): Tool for fast searching of protein sequences in databases
• Autor: Ivan Vujević
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ana Sović Kržić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Juraj Petrović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2014-07-14, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Kod pretrage baza bioloških sljedova postoje dvije vrste algoritama. Jedna vrsta
su deterministički, koji koriste rigorozne algoritme za pronalazak optimalnog rješenja.
Druga vrsta su heuristički algoritmi koji ne pronalaze optimalno rješenje, ali ovi
algoritmi su puno brži od determinističkih algoritama. Potrebno je pronaći kompromis
između brzine i točnosti pretrage.
U ovom radu opisan je heuristički algoritam pretrage. Na početku se za svaki slijed
odredi lista riječi te se tako dobije smanjena baza. Smanjenje cijele baze na listu riječi omogućuje nam bržu pretragu. Algoritam se sastoji od dva koraka. U prvom koraku,
pretragom liste riječi pronalaze se potencijalni kandidati koji se zatim šalju u drugi
korak. U drugom koraku, koristeći jedan od dva algoritma, odabiremo sljedove za
izlaz

Sažetak (engleski)

In database searching are two fundamental types of algorithm. One is deterministic type, which uses a rigorous algorithm to find the best
solution. Another is the heuristic type which don't find optimal solution, but these algorithms are more faster than deterministic type algorithms. We have to find a compromise between speed and accuracy.
In this paper we describe heuristic type of algorithms.At the beginning, for each sequence we have to find word list to get reduced base as a result. Reducing the whole base allows us fastier searching. Algorithm has two steps.
In the first step we find potential candidate and in the
second step we do selection between potential candidate using one of two offered algorithms.

• Ključne riječi: heuristički algoritam; bioinformatika; paralelizacija; biološke baze
• Ključne riječi (engleski): heuristic algorithm; bioinformatics; parallelization; biological database
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:882562
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-02-06 07:32:58