Određivanje preklapanja među očitanjima u postupku de novo sastavljanja genoma

završni rad

• Naslov (engleski): Finding overlapping reads for de novo genome assembly
• Autor: Tin Široki
• Mentor: Mirjana Domazet-Lošo (mentor)
• Član povjerenstva: Mirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mario Brčić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Marina Ptiček (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2016-07-11, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Određivanje preklapanja je prvi korak de novo sastavljanja genoma metodom preklapanje-razmještaj-konsenzus . Za određivanje preklapanja koristio sam kombinirani pristup. Pristup koristi prošireno sufiksno polje za pronalazak identičnih preklapanja i dinamičko programiranje za poravnanje dijelova očitanja između identičnih preklapanja. Ovakav način određivanja preklapanja omogućava kompromis između kvalitete određenih preklapanja i vremena izvođenja.

Sažetak (engleski)

Finding overlaps is the first step of de novo genome assembly using Overlap-Layout-Consensus method. To determine overlaps I used a combined approach. The approach uses enhanced suffix array for finding identical overlaps and dynamic programming to align parts of reads between identical overlaps. This method allows a trade off between the quality of determined overlaps and runtime.

• Ključne riječi: određivanje preklapanja; metoda preklapanje-razmještaj-konsenzus; sastavljanje genoma; prošireno sufiksno polje; dinamičko programiranje
• Ključne riječi (engleski): finding overlaps; overlap-layout.consensus method; genome assembly; enhanced suffix array; dynamic programming
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:239692
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-02-06 12:18:13