Alat za poravnanje dugačkih očitanja

završni rad

• Naslov (engleski): Long read aligner
• Autor: Marko Ratković
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Andrej Novak (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2015-07-13, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Poravnavanje bioloških sljedova predstavlja jedan od najstarijih i najviše istraživanih problema u bioinformatici. Cilj je identificirati slične regije koje mogu predstavljati funkcionalnu, strukturalnu ili evolucijsku vezu između dvaju organizama.
Neprekidnim razvojem tehnologije napreduju i uređaji za sekvenciranje te su moguća sve duža očitanja. Javlja se potreba za razvojem alata koji će moći poravnati takva dugačka očitanja koja potencijalno mogu imati i visok postotak greške.
U ovom radu je predloženo jednostavno rješenje koje problem svodi na problem izdvajanja iz ulaznog slijeda kandidatnih regija korištenjem vrijednosti LCSk++ dvaju podnizova. U radu je dat algoritam, implementacijski detalji razvijenog alate te usporedba s postojećim alatima.

Sažetak (engleski)

Sequence allimgent is one of the first and most researched problems in bioinformatics. It is used to identify the regions of similarity that may indicate functional, structural or evolutionary relationship between two organisms
With the advancement of technology, sequencing machines are constantly improving and they are producing longer and longer reads. Need for new aligners that are able to work with those long error-prone exists.
This Thesis presents a simple tool that solves the problem of aligning reads by selecting potential regions in a sequence that have higher similarity score. LCSk++ measure between two subsequences is used as similarity score. Described algorithm and implementation details are presented in this Thesis as well as comparison with existing aligners.

• Ključne riječi: bioinformatika; poravnanje; dugacka očitanja; LCSk++; sufiksno polje
• Ključne riječi (engleski): bioinformatics; sequence aligment; long error-prone reads; LCSk++; suffix array
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:586716
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-02-06 11:33:17