Rekonstrukcija filogenetskog stabla koristeći metodu udruživanja susjeda

završni rad

• Naslov (engleski): Phylogenetic tree reconstruction using Neighbor Joining algorithm
• Autor: Lucija Megla
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Andrej Novak (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2015-07-13, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Za područje filogenije rekonstrukcija filogenetskih stabala je izuzetno bitna. Pomoću njih se određuju biološke veze između taksonomskih jedinica. Za rekonstrukciju filogenetskih stabala pomoću računala su razvijene mnoge metode i algoritmi. U ovom je radu opisana metoda udruživanja susjeda kao jedna od metoda rekonstrukcije filogenetskih stabala temeljenih na međusobnoj udaljenosti taksona te je ostvarena njezina programska implementacija. Usporedbom implementiranog programa s postojećim alatom ustanovljen je ispravan rad implementiranog alata. Topologije stabala dobivene implementiranim alatom odgovaraju evolucijskim odnosima u stvarnosti.

Sažetak (engleski)

In phylogeny, reconstruction of phylogenetic trees is extremely important. With them one can determine biological connection between taxa. For computional phylogenetic tree reconstruction there are many methods and algorithms developed. We described neighbor-joining method as one of distance-based methods for phylogenetic reconstruction. We also implemented a tool that uses this method for phylogenetic tree reconstruction. By comparative analysis with already implemented tool we determined soundness of our implementation. Furthermore, we determined that topologies reconstructed with implemented tool reflect evolutionary relationships in reality.

• Ključne riječi: filogenetsko stablo; matrica udaljenosti; rekonstrukcija; topologija; metoda udruživanja susjeda
• Ključne riječi (engleski): phylogenetic tree; distance matrix; reconstruction; topology; neighbor-joining method
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:274415
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-02-06 10:36:10