Klasifikacija roditeljskog porijekla genetskih sekvenci pomoću k-mera

završni rad

• Naslov (engleski): K-mer-Based Classification of Parental Origin of Genetic Sequences
• Autor: Franjo Vuković
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Josipa Lipovac (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Filip Tomas (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2024-07-02, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

U ovom radu istražuje se klasifikacija roditeljskog porijekla genetskih sekvenci pomoću k-mera.
Proces genetskog nasljeđivanja uključuje nasumičan prijenos genetskog materijala od roditelja na potomke,
pri čemu nastaju mutacije koje stvaraju nove karakteristike.
Za diploidne organizme, svaki kromosom u paru nasljeđuje genetski materijal od jednog roditelja.
Cilj ovog rada je pomoću postojećih algoritama implementirati metodu koja će klasificirati genetske sekvence potomka kao majčinske ili očinske.
Algoritam koristi k-mere, podnizove određene duljine, specifične za svakog roditelja,
kako bi klasificirao očitanja potomka kao majčinska ili očinska.
Metode i algoritmi su implementirani i testirani na nekoliko skupova podataka,
uključujući genom bakterije Escherichia coli i ljudske genome, pri čemu su analizirani rezultati i učinkovitost.

Sažetak (engleski)

This paper investigates the classification of parental origin of genetic sequences using k-mers.
The process of genetic inheritance involves the random transfer of genetic material from parents to offspring,
during which mutations occur that create new characteristics.
For diploid organisms, each chromosome in a pair inherits genetic material from one parent.
The aim of this paper is to implement a method using existing algorithms that will classify the genetic sequences of the offspring as maternal or paternal.
The algorithm uses k-mers, subsequences of a specified length, specific to each parent,
to classify the offspring's reads as maternal or paternal.
Methods and algorithms have been implemented and tested on several data sets,
including the genome of the bacterium Escherichia coli and human genomes, analyzing the results and efficiency.

• Ključne riječi: klasifikacija; k-meri; bioinformatika; Trio Binning; sekvence; genomi
• Ključne riječi (engleski): classification; k-mers; bioinformatics; Trio Binning; sequences; genomes
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:704735
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2024-10-12 22:29:43