Algoritam za učinkovito pronalaženje filogenetskih stabala prema kriteriju maksimalne izglednosti

završni rad

• Naslov (engleski): Efficient algorithm for finding maximum-likelihood phylogeny trees
• Autor: Mirta Krajinović
• Mentor: Mirjana Domazet-Lošo (mentor)
• Član povjerenstva: Mirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mihael Kovač (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Andrej Slapničar (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2024-07-08, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Ovaj završni rad istražuje suvremene alate za izgradnju filogenetskih stabala metodom maksimalne izglednosti, s posebnim naglaskom na IQ-TREE alat. Proučen je algoritam za brzo pronalaženje filogenetskih stabala i bootstrap za procjenu izglednosti grana. Rad uključuje vlastitu implementaciju algoritma za učinkovito pronalaženje filogenetskih stabala prema kriteriju maksimalne izglednosti u programskom jeziku C++ te usporedbu rezultata i vremena izvođenja s IQ-TREE rješenjem. Oba programska koda... Više pokrenuta su nad istim skupovima podataka. Sakrij dio sažetka

Sažetak (engleski)

This thesis considers modern tools for constructing phylogenetic trees using the maximum likelihood method, with a special focus on the IQ-TREE tool. It examines the algorithm for fast inference of phylogenetic trees and the bootstrap method for assessing the likelihood of branches. The thesis includes a custom implementation of the algorithm for efficiently inferring phylogenetic trees according to the maximum likelihood criterion in the C++ programming language and compares the results and... Više execution time with the IQ-TREE solution. Both programs were run on the same data sets. Sakrij dio sažetka

• Ključne riječi: filogenija; pronalaženje filogenetskih stabala; maksimalna izglednost; stohastički algoritam; transformacija stabala
• Ključne riječi (engleski): phylogeny; phylogenetic inference; maximum likelihood; stochastic algorithm; tree rearrangement
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:744493
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2024-10-12 21:10:36