Algoritam za učinkovito pronalaženje filogenetskih stabala prema kriteriju maksimalne izglednosti

završni rad

• Naslov (engleski): Efficient algorithm for finding maximum-likelihood phylogeny trees
• Autor: Mirta Krajinović
• Mentor: Mirjana Domazet-Lošo (mentor)
• Član povjerenstva: Mirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mihael Kovač (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Andrej Slapničar (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2024-07-08, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Ovaj završni rad istražuje suvremene alate za izgradnju filogenetskih stabala metodom maksimalne izglednosti, s posebnim naglaskom na IQ-TREE alat. Proučen je algoritam za brzo pronalaženje filogenetskih stabala i bootstrap za procjenu izglednosti grana. Rad uključuje vlastitu implementaciju algoritma za učinkovito pronalaženje filogenetskih stabala prema kriteriju maksimalne izglednosti u programskom jeziku C++ te usporedbu rezultata i vremena izvođenja s IQ-TREE rješenjem. Oba programska koda pokrenuta su nad istim skupovima podataka.

Sažetak (engleski)

This thesis considers modern tools for constructing phylogenetic trees using the maximum likelihood method, with a special focus on the IQ-TREE tool. It examines the algorithm for fast inference of phylogenetic trees and the bootstrap method for assessing the likelihood of branches. The thesis includes a custom implementation of the algorithm for efficiently inferring phylogenetic trees according to the maximum likelihood criterion in the C++ programming language and compares the results and execution time with the IQ-TREE solution. Both programs were run on the same data sets.

• Ključne riječi: filogenija; pronalaženje filogenetskih stabala; maksimalna izglednost; stohastički algoritam; transformacija stabala
• Ključne riječi (engleski): phylogeny; phylogenetic inference; maximum likelihood; stochastic algorithm; tree rearrangement
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:744493
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2024-10-12 21:10:36