De novo sastavljanje genoma koristeći dugačka očitanja s velikom pogreškom

diplomski rad

• Naslov (engleski): De Novo Assembly Using Long Error-prone Reads
• Autor: Mario Kostelac
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Damir Seršić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mirjana Domazet-Lošo (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2016-02-15, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Sastavljanje genoma koristeći dugačka očitanja s velikom pogreškom (bez ispravljanja očitanja) je obećavajuća metoda. Diplomski rad pokazuje da se, ako se koriste zajedno s jednostavnim metodama za uklanjanje šuma iz podataka, metode korištene za sastavljanje genoma koristeći kratka očitanja mogu koristiti i za sastavljanje genoma koristeći dugačka očitanja. Implementirane metode su testirane na dva skupa podataka E. coli (jedan tvrtke PacBio i jedan tvrtke Oxford Nanopore Technologies). Rezultati su uspoređeni s rezultatima miniasm assemblera.

Sažetak (engleski)

Assembling genomes from long error-prone reads without error correction seems like a promising method. The thesis shows that layout methods used for assembling genomes from short reads can be utilized for assembling from long error-prone reads, if coupled with new methods for eliminating the noise from a dataset. Methods are validated with two datasets of Escherichia coli (PacBio and Oxford Nanopore Technologies). Results are compared with results of the miniasm assembler.

• Ključne riječi: De novo sastavljanje genoma; PacBio; Oxford Nanopore technologies; faza razmještaja
• Ključne riječi (engleski): De novo assembly; PacBio; Oxford Nanopore Technologies; layout
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:726447
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-02-06 09:47:20