Memorijski učinkovita pohrana genoma iste vrste

završni rad

• Naslov (engleski): Memory-Efficient Storage of Multiple Genomes of the Same Species
• Autor: Vinko Kodžoman
• Mentor: Mirjana Domazet-Lošo (mentor)
• Član povjerenstva: Mirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Boris Milašinović (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Petar Djerasimović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2015-07-13, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

U ovom radu dajem svoje rješenje za memorijski i vremenski učinkovitu implementaciju prikaza kolekcije genoma kao i njihovog indeksiranja. Napravio sam indeks referentnog genoma baziran na BWBBLE, indeksu koji koristi Burrows-Whelerovou transformaciju. Kako bih povećao njegovu fleksibilnost, dodao sam promjenjive kodne tablice kao i ulazno/izlazni modul koji omogućuje stvaranje referentnog genoma iz populacije genoma. Indeks je napisan u programskom jeziku C++ i uspoređen sa BWA, programskim paketom za mapiranje sekvenci na referentne genome velike duljine. Indeks referentnog genoma nije konkurentan BWA-u u vremenu izvođenja, ali njegova veća fleksiblinost omogućuje korisniku stvaranje referentnog genoma i unos vlastitih kodnih tablica.

Sažetak (engleski)

In this thesis I address the problem of memory-efficient representation of a collection of genomes and their indexing. I have developed a reference genome index based on a Burrows-Wheeler transform aligner called BWBBLE. To increase its flexibility, I have added custom code tables and created an input/output engine that enables creation of a reference genome from a genome population. The index is written in the C++ programming language and compared to BWA – a software package for mapping sequences against a large reference genome. The reference genome index is not competitive to the BWA performance-wise but it allows more flexibility, allowing the user to create a reference genome and input their own code tables.

• Ključne riječi: Referentni genom; Indeks; Burrows-Wheelerova transformacija; Sufiksno polje; Pretraživanje uzoraka
• Ključne riječi (engleski): Reference genome; Index; Burrows-Wheeler Transform; Suffix array; Pattern searching
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:739648
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-02-06 09:41:42