Metagenomska klasifikacija temeljena na sastavljanju metagenoma

diplomski rad

• Naslov (engleski): Metagenomic Classification Based on Metagenome Assembly
• Autor: Nera Frajlić
• Mentor: Krešimir Križanović (mentor)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Marko Subašić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mirjana Domazet-Lošo (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2023-07-11, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Metagenomika je grana znanosti usmjerena na analizu bakterija, virusa i drugih jednostavnih genoma u metagenomskom uzorku. Metagenomska klasifikacija i određivanje informacija o taksonomskim grupama sekvenci u uzorku pojavljuje s kao koristan alat u metagenomskoj analizi. Genomika uvodi metode za manipuliranje genomskim podacima, uključujući algoritme poravnanja i mapiranja, alate za sastavljanje genoma i drugo, koji su korisni pri provođenju metagenomske klasifikacije. Ovaj diplomski rad pruža pregled područja metagenomske klasifikacije i usmjeren je na istraživanje metode za poboljšanje metagenomske klasifikacije korištenjem sastavljenih kontiga generiranih iz simuliranog uzorka ciljnih sekvenci. U analizi je sudjelovalo nekoliko uzoraka podataka koji sadrže određene anomalije i nekoliko baza podataka.

Sažetak (engleski)

Metagenomics research specializes in the analysis of bacterial, viral, and other genomes present in metagenomic samples. A key aspect of metagenomic analysis is classifying and understanding taxonomic information within a sample. Various methods for handling genomic data exist, such as mapping and alignment algorithms, assembly tools, and more, which prove beneficial in metagenomic classification. This thesis focuses on investigating specific approaches to improve metagenomic classification using assembly contigs derived from simulated samples of target sequences. By exploring this method, this research should contribute to the further development of metagenomic analysis technology. Multiple samples were tested with different true-to-life results, each containing specific anomalies that are likely to be encountered in a real-world environment.

• Ključne riječi: metagenomika; metagenomska klasifikacija; sastavljanje metagenoma
• Ključne riječi (engleski): metagenomics; metagenomic classification; metagenomic assembly
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:315769
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-10-11 08:51:16