Usporedba algoritamskog pristupa i tehnika strojnog učenja za problem grupiranja sekvenci DNA

diplomski rad

• Naslov (engleski): Comparison of Algorithmic Approach and Machine Learning for Grouping Similar DNA Sequences
• Autor: Sandi Letić
• Mentor: Krešimir Križanović (mentor)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Igor Mekterović (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Marko Subašić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2022-09-22, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Razvijen je programski kod algoritama za pronalazak alela u bioinformatičkim podacima sa replikom. Algoritam je proširen sa mogućnošću obrade podataka bez replike. Usporedili smo njegovu efikasnost sa pojedinim algoritmima nenadziranog strojnog učenja. Rezultati i vrijeme obrade pokazuju efikasnost algoritma i neefikasnost općenitije, neprilagođene metode.

Sažetak (engleski)

We developed a program for finding alleles in bioinformatics data with replicates. The algorithm functionality was then extended to enable processing data without replicates. The efficiency of the algorithm was compared to an unsupervised machine learning algorithm. The results and time required show the effectiveness of the algorithmic approach and the opposite for the more general unsupervised methods.

• Ključne riječi: bioinfomatika; sekvenca; DNA; RNA; algoritam; replika; grupiranje; strojno učenje; hijerarhijsko grupiranje; k-sredine; k-medoide; spektralno grupiranje
• Ključne riječi (engleski): bioinfomatics; sequence; DNA; RNA; algorithm; replica; clustering; grouping; machine learning; hierarchical clustering; k-medoids; spectral clustering.
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:976530
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-01-15 10:40:36