Poopćenje algoritma za poravnanje parcijalnog uređaja

završni rad

• Naslov (engleski): Generalization of Partial Order Alignment
• Autor: Marin Rašić
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Josip Marić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Filip Bosnić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2021-07-02, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

Poravnanje bioloških slijedova jedna je od temeljnih zadaća područja bioinformatike. Među algoritmima poravnanja razlikujemo algoritme poravnanja parova slijedova i algoritme poravnanja više slijedova. Jedan od najpopularnijih algoritama višestrukog poravnanja je poravnanje grafa parcijalnog uređaja i slijeda. Problema ovog algoritma je nemogućnost njegove paralelizacije. U ovom radu se predstavlja proširenje tog algoritam na poravnanja dva grafa parcijalnog uređaja što omogućuje njegovu paralelizaciju.

Sažetak (engleski)

Alignment of biological sequences is one of the fundamentals tasks of bioinformatics. Alignment algorithms can be divided into two groups: pairwise alignment algorithms and multiple sequence alignment algorithms. One of the most popular multiple sequence alignment algorithms is partial order graph alignment. The problem this algorithm has is its inability to be parallelized. In this paper an algorithm based on partial order graph alignment is presented which aligns two partial order graphs. This added functionality allows it to be parallelized.

• Ključne riječi: bioinformatika; poravnanje parova slijedova; višestruko poravnanje; graf parcijalnog uređaja
• Ključne riječi (engleski): bioinformatics; pairwise alignment; multiple sequence alignment; partial order graph
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:718682
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-01-14 21:32:30