Popunjavanje rupa sastavljenih genoma pomoću dugačkih očitanja

diplomski rad

• Naslov (engleski): Scaffolding Assembled Genomes with Long Reads
• Autor: Ivan Krpelnik
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Damir Seršić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2018-07-05, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

U ovom radu implementiran je alat za produljivanje i povezivanje sastavljenih slijedova u programskom jeziku C++. Alat je nazvan Ezra i potencijalno bi se mogao koristiti za produljivanje i povezivanje u alatu za de novo sastavljanje Rala. Metode produljivanja i povezivanja bi se trebale izvršavati iterativno, ponavljajući proces sve dok ima valjanih produljenja i povezivanja.

Alat je testiran na umjetno generiranim slijedovima napravljenih nasumičnim rezanjem genoma e. coli i na rascjepanim slijedovima sastavljenim alatom Rala nad Pacbio bakterijskim podatkovnim skupovima. Rezultati testiranja pokazuju da je ova metoda valjana za povezivanje slijedova sastavljenih Ralom.
Izvorni kod dostupan je na \url{https://gitlab.com/Krpa/ezra}.

Sažetak (engleski)

In this thesis, a tool for contig extension and gap closing was implemented in C++. The tool is named Ezra and could be used for extension and bridging by de novo assembler Rala. The extension and bridging methods are meant to be run in iterations, repeating the process while it produces valid extensions and bridges.

The tool was tested on artificial fragments made by randomly cutting e. coli genome and on fragmented assembly produced by Rala on Pacbio bacterial datasets.
The results show that this method is valid for reducing the number of contigs produced by Rala.
The source code is available at \url{https://gitlab.com/Krpa/ezra}.

• Ključne riječi: Povezivanje fragmenata; Sastavljanje genoma; Genom; Dugačka očitanja
• Ključne riječi (engleski): Scaffolding; Assembly; Assemblies; Genome; Long reads
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:295015
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-03-13 22:01:41