Implementacija algoritama za izgradnju sufiksnih polja primjenjiva na genomima sisavaca

diplomski rad

• Naslov (engleski): Implementing Suffix-Array Construction Algorithms Scalable to Mammalian Genomes
• Autor: Zoran Krišto
• Mentor: Mirjana Domazet-Lošo (mentor)
• Član povjerenstva: Mirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Boris Vrdoljak (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Zdravko Galić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2017-07-11, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

U okviru ovog diplomskog rada istražen je problem indeksiranja cijelih genoma sisavaca. Proučeni su postojeći relevantni algoritmi za izgradnju sufiksnih polja, postojeći algoritmi su prilagođeni i implementirani kao 64-bitne verzije te je omogućena vizualizacija postupka izgradnje sufiksnog polja.

Sažetak (engleski)

The goal of this thesis is to study the problem of indexing mammalian genomes. This work entails a survey of the state-of-the-art algorithms for the suffix array construction, re-engineering the chosen algorithm(s) as 64-bit versions and developing a visualization of the suffix array construction process.

• Ključne riječi: SA-IS; SACA-K; genom; inducirano sortiranje; sufiksno polje; sisavci
• Ključne riječi (engleski): SA-IS; SACA-K; genome; induced-sorting; suffix array; mammal
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:501045
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2019-03-13 21:58:05