Pojednostavljenje grafa preklapanja

diplomski rad

• Naslov (engleski): Simplification of the overlap graph
• Autor: Bruno Rahle
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Član povjerenstva: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mladen Vučić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Damir Seršić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2014-07-07, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

U današnje doba, postoji mnogo različitih metoda sekvenciranja DNK koje se i dalje razvijaju. U ovome radu, prikazujemo kako efikasno odvojiti nepotrebna očitanja i preklapanja iz skupa očitanja i preklapanja koje dobijemo u procesu sekvenciranja DNK. Prikazujemo algoritme za micanje sadržanih očitanja, tranzitivnih bridova, spajanje jedinstvenih spojki i stvaranje grafa niza znakova. Napravljena je implementacija u C++-u i rezultati testiranja su prikazani u ovome radu.

Sažetak (engleski)

Today, a lot of different DNA assembly methods exist and are being actively developed. In this thesis, we show how to efficiently prune unnecessary reads and overlaps from those supplied to us in the process of DNA assembly. We show algorithms for removing contained reads, transitive edges, collapsing unique joins and creating a string graph. A C++ implementation has also been provided and tested, with results presented in this work.

• Ključne riječi: Layout; slaganje DN; Graf nizova znakova; C++
• Ključne riječi (engleski): Layout; DNA assembly; String graph; C++
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:651874
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-02-06 11:31:03