Hibridna metoda sažimanja skupa genoma korištenjem referentnog genoma

završni rad

• Naslov (engleski): Hybrid referential genome compression
• Autor: Jana Penić
• Mentor: Mirjana Domazet-Lošo (mentor)
• Član povjerenstva: Mirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mario Brčić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Mihael Kovač (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet elektrotehnike i računarstva; Zagreb
• Datum i država obrane: 2023-06-30, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: TEHNIČKE ZNANOSTI; Računarstvo

Sažetak

S padanjem cijene sekvenciranja genoma, taj je postupak postao sve češći te zbog
toga količina genomskih podataka sve brže raste. To je dovelo do potrebe za učinkovitijim
načinima za pohranu i prijenos genomskih podataka te razvojem specijaliziranih
algoritama za sažimanje genomskih podataka. U ovom je završnom radu implementiran
algoritam za sažimanje Hybrid Referential Compression Method korištenjem programskog
jezika Python. HRCM koristi referentni genom za sažimanje drugih genoma
traženjem podudaranja sljedova nukleotida. U radu je objašnjen postupak sažimanja i
ekstrakcije podataka, korištene strukture podataka, utjecaj parametara na provođenje
sažimanja te su prikazani rezultati testiranja na različitim skupovima podataka.

Sažetak (engleski)

As the cost of genome sequencing has fallen, this procedure has become more
common and, as a result, the amount of genomic data is rapidly growing. This has
led to the need for more efficient ways to store and transfer genomic data and for the
development of specialized algorithms for compressing genomic data. In this thesis,
the compression algorithm Hybrid Referential Compression Method is implemented
using the programming language Python. HRCM uses a reference genome to compress
other genomes by searching for matches in the nucleotide sequences. The thesis
explains the process of data compression and decompression, the used data structures,
the influence of parameters on the implementation of compression, and presents the
results of testing on different data sets.

• Ključne riječi: algoritam; HRCM; sažimanje; kompresija; ekstrakcija; dekompresija; genom; Python
• Ključne riječi (engleski): algorithm; HRCM; compression; decompression; genome; Python
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:262334
• Studijski program: Naziv: Računarstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: preddiplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Zatvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-07-13 10:27:12