pid	type	title	authors	mentors	source_title	published_date	url	doi	isbn	issn	eissn
fer:13359	"journal article"	"A systematic benchmark of Nanopore long-read RNA sequencing for transcript-level analysis in human cell lines"	"Chen, Ying; Davidson, Nadia M.; Wan, Yuk Kei; Yao, Fei; Su, Yan; Gamaarachchi, Hasindu; Sim, Andre; Patel, Harshil; Low, Hwee Meng; Hendra, Christopher; Wratten, Laura; Hakkaart, Christopher; Sawyer, Chelsea; Iakovleva, Viktoriia; Lee, Puay Leng; Xin, Lixia; Ng, Hui En Vanessa; Loo, Jia Min; Ong, Xuewen; Ng, Hui Qi Amanda; Wang, Jiaxu; Koh, Wei Qian Casslynn; Poon, Suk Yeah Polly; Stanojevic, Dominik; Tran, Hoang-Dai; Lim, Kok Hao Edwin; Toh, Shen Yon; Ewels, Philip Andrew; Ng, Huck-Hui; Iyer, N. Gopalakrishna; Thiery, Alexandre; Chng, Wee Joo; Chen, Leilei; DasGupta, Ramanuj; Sikic, Mile; Chan, Yun-Shen; Tan, Boon Ooi Patrick; Wan, Yue; Tam, Wai Leong; Yu, Qiang; Khor, Chiea Chuan; Wüstefeld, Torsten; Lezhava, Alexander; Pratanwanich, Ploy N.; Love, Michael I.; Goh, Wee Siong Sho; Ng, Sarah B.; Oshlack, Alicia; Iyer, N. Gopalakrishna; Yu, Qiang; Göke, Jonathan"								
fer:12833	thesis	"Preklapanje visoko pouzdanih očitanja diploidnih ili poliploidnih organizama"	"Vučenik, Filip"								
fer:12839	thesis	"Klasifikacija roditeljskog porijekla genetskih sekvenci pomoću k-mera"	"Vuković, Franjo"								
mef:10155	"journal article"	"The Applied Genomics Development Strategy by the Croatian Academy of Sciences and Arts paves the way for the future development of applied genomics in Croatia"	"Sedlic, Filip; Sertić, Jadranka; Markotić, Alemka; Primorac, Dragan; Slavica, Anita; Zibar, Lada; Vlahoviček, Kristian; Kušec, Vesna; Barić, Ivo; Paar, Vladimir; Borovečki, Fran; Žmak, Ljiljana; Kurolt, Ivan-Christian; Canki-Klain, Nina; Roksandić, Sunčana; Rinčić, Iva; Jurić, Hrvoje; Škaro, Vedrana; Marjanović, Damir; Projić, Petar; Primorac, Damir; Starčević, Antonio; Vujaklija, Dušica; Šikić, Mile; Križanović, Krešimir; Gamulin, Stjepan"								
fer:11655	thesis	"Ablacija dubokih neuronskih mreža za predviđanje epigenetskih modifikacija"	"Unković, Ivan"								
fer:11503	thesis	"Aktivno učenje za detekciju rijetkih epigenetskih modifikacija"	"Pintarić, Matija"								
fer:11328	thesis	"Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja"	"Kocijan, Martin Josip"								
fer:11332	thesis	"Graf neuronske mreže za de novo sastavljanje genoma"	"Kolić, Jan"								
fer:11226	thesis	"Graf neuronske mreže za traženje Hamiltonovog puta"	"Gaćina, Katarina"								
fer:9500	thesis	"Kombiniranje informacija o strukturi proteina i RNA u razvoju nove funkcije bodovanje temeljene na dubokom učenju"	"Martinović, Ivona"								
fer:9073	thesis	"Klasifikacija mikroba uporabom dubokog učenja"	"Pongračić, Kristijan"								
fer:10196	thesis	"Korištenje graf neuronskih mreža za odvajanje haplotipa u grafovima sastavljanja"	"Wolf, Filip"								
fer:8361	thesis	"Metoda za mapiranje bisulfitno tretiranih očitanja na genom"	"Kosier, Sanja"								
fer:9694	thesis	"Metoda za sastavljanje genoma temeljena na De Bruijn grafovima i minimizatorima"	"Yatsukha, Roman"								
fer:9076	thesis	"Otkrivanje lažno pozitivnih i lažno negativnih preklapanja u grafu sastavljanja"	"Požega, Luka"								
fer:9291	thesis	"Popravljanje grešaka u očitanjima čuvajući informaciju o haploidu"	"Brekalo, Tvrtko"								
fer:9994	thesis	"Poboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja"	"Meter, Josip"								
fer:8620	thesis	"Vrednovanje modela za predikciju udaljenosti između RNA atoma"	"Šarić, Jelena"								
fer:9757	thesis	"Aplikacija za analizu bioinformatičkih podataka pomoću vanjskih alata"	"Briševac, Zvonimir"								
fer:8541	thesis	"Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja"	"Pratljačić, Suzana"								
fer:8401	thesis	"Detekcija grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora"	"Lipovac, Josipa"								
fer:10077	thesis	"Aplikacija za pohranu bioinformatičkih podataka u sustavu PostgreSQL"	"Ranogajec, Daniel"								
fer:10113	thesis	"Brzo poravnanje visoko pouzdanih dugačkih očitanja"	"Staver, Mauro"								
fer:10079	thesis	"Poopćenje algoritma za poravnanje parcijalnog uređaja"	"Rašić, Marin"								
fer:9900	thesis	"Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma"	"Klabučar, Ivan"								
fer:8143	thesis	"Brzo prepoznavanje mikroba uporabom dubokog učenja"	"Bakić, Sara"								
fer:9053	thesis	"Metoda za pretvaranje signala dobivenog sekvenciranjem nanoporama u niz nukleotida"	"Pavlić, Stanislav"								
fer:8519	thesis	"Model dubokog učenja pore za sekvenciranje nanoporama"	"Penić, Rafael Josip"								
fer:8226	thesis	"Određivanje modificiranih nukleotida koristeći sekvenciranje nanoporama i duboko učenje"	"Deur, Sanja"								
fer:8146	thesis	"Prepoznavanje mikroba uporabom dubokog učenja"	"Baksa, Mirna"								
fer:9290	thesis	"De novo sastavljanje mikrobnih zajednica koristeći tehnologiju za očitanje DNA treće generacije"	"Brekalo, Tvrtko"								
fer:9395	thesis	"Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA"	"Jurić, Matija"								
fer:9333	thesis	"Pronalaženje varijanti gena grupiranjem pomoću algoritama dinamičkog programiranja"	"Frajlić, Nera"								
fer:8695	thesis	"Vizualizacija podataka dobivenih sekvenciranjem RNA"	"Vrlec, Jan"								
fer:8266	thesis	"Prepoznavanje osoba i njihovih emocija u humanoidnom robotu"	"Gambiraža, Mate"								
fer:8141	thesis	"Preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja"	"Babojelić, Dario"								
fer:8508	thesis	"Prepoznavanje mikroba uporabom obrade signala i lokalno osjetljivog raspršenog adresiranja"	"Paulinović, Mate"								
fer:8094	thesis	"Sustav za praćenje ispitanika tijekom pretraživanja Google tražilicom"	"Šaravanja, Matej"								
fer:10195	thesis	"Popravljanje djelomično sastavljenoga genoma pomoći Hi-C očitanja"	"Wolf, Filip"								
fer:9693	thesis	"De novo sastavljanje diploidnih genoma koristeći tehnologiju za očitanje DNA treće generacije"	"Yatsukha, Roman"								
fer:9499	thesis	"Protočna struktura za detekciju grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora"	"Martinović, Ivona"								
fer:9035	thesis	"Vizualizacija podataka dobivenih sekvenciranjem DNA"	"Osredek, Nikola"								
fer:5836	thesis	"Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja"	"Fureš, Matej"								
fer:6284	thesis	"Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja"	"Penić, Rafael Josip"								
fer:6529	thesis	"Poliranje DNA slijeda koristeći metode dubokog učenja"	"Vrček, Lovro"								
fer:5629	thesis	"De novo sastavljanje genoma vođeno referencom"	"Bakić, Sara"								
fer:6330	thesis	"Gornja granica u sastavljanju genoma"	"Požega, Luka"								
fer:6367	thesis	"Klasifikacija očitanja koristeći metode dubokog učenja"	"Relić, Borna"								
fer:5781	thesis	"Korištenje referentne baze za predviđanje plazmida"	"Deur, Sanja"								
fer:6323	thesis	"Mapiranje dugačkih očitanja"	"Pongračić, Kristijan"								
fer:6267	thesis	"Mapiranje kratkih očitanja"	"Pavlić, Stanislav"								
fer:5652	thesis	"Mapiranje slijeda na graf"	"Batić, Dominik"								
fer:6073	thesis	"Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima"	"Lipovac, Josipa"								
fer:6007	thesis	"Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem"	"Kosier, Sanja"								
fer:5827	thesis	"Identifikacija tipova 1D-signala dubokog učenja"	"Floreani, Filip"								
fer:6381	thesis	"Rani probir za otkrivanje preeklampsije"	"Rupe, Marina"								
fer:6639	dissertation	"Algorithms for de novo assembly of large genomes."	"Vaser, Robert"								
fer:6652	dissertation	"Statistical inference of exogenous and endogenous information propagation in social networks."	"Piškorec, Matija"								
fer:3110	thesis	"Poboljšanje sastavljenih genoma metodama dubokog učenja"	"Jurić, Antonio"								
fer:3697	thesis	"Naučene indeksne strukture"	"Paulinović, Mate"								
fer:2490	thesis	"Brzo pretraživanje sličnih proteinskih sljedova"	"Babojelić, Dario"								
fer:4305	thesis	"Landau-Vishkin-Nussinov algoritam za poravnanje dva niza"	"Vršnak, Donik"								
fer:2507	thesis	"Mobilna aplikacija za prikupljanje podataka o korisničkoj aktivnosti"	"Baksa, Mirna"								
fer:4001	thesis	"Približni algoritam za brzo računanje poravnanja dvaju dugačkih nizova"	"Sodić, Filip"								
fer:4267	thesis	"Raspoznavanje objekata na pametnom telefonu primjenom konvolucijskih neuronskih mreža"	"Vidošević, Maja"								
fer:4069	thesis	"Sustav za pohranu DNA"	"Šaravanja, Matej"								
fer:4129	thesis	"De novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja"	"Škugor, Luka"								
fer:3531	thesis	"Model dubokog učenja s kraja na kraj za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION"	"Miculinić, Neven"								
fer:3291	thesis	"Popunjavanje rupa sastavljenih genoma pomoću dugačkih očitanja"	"Krpelnik, Ivan"								
fer:4405	thesis	"Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja"	"Žuljević, Petar"								
fer:3951	thesis	"Skriveni Markovljev model za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION"	"Selak, Ana Marija"								
fer:2619	thesis	"Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja"	"Bradač, Mislav"								
fer:3521	thesis	"Algoritam za računanje profila pogreške za tehnologije za sekvenciranje treće generacije"	"Megla, Lucija"								
fer:3936	thesis	"Analiza metagenomskog uzorka dobivenog sekvenciranjem koristeći uređaje treće generacije"	"Rupe, Marina"								
fer:4196	thesis	"Identifikacija tipova 1D-signala pomoću nenadziranog dubokog učenja"	"Tomljanović, Jan"								
fer:4087	thesis	"Identifikacija tipova 1D-signala pomoću polu-nadziranog dubokog učenja"	"Šebrek, Tomislav"								
fer:2494	thesis	"Klasifikacija bioloških anotacija na velikoj skali koristeći reprezentacije riječi izvedene iz dokumenata biomedicinske znanstvene literature"	"Baćac, Adriano"								
fer:3888	thesis	"Model dubokog učenja za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION"	"Ratković, Marko"								
fer:2854	thesis	"Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma"	"Floreani, Filip"								
fer:2565	thesis	"Utjecaj susjeda na vlastito mišljenje"	"Bestvina, Ivan"								
fer:3333	thesis	"dna2vec: vektorska reprezentacija k-torki različite duljine"	"Kutnjak, Mateo"								
fer:1116	thesis	"Poravnanje dugačkih RNA očitanja"	"Jurić, Antonio"								
fer:2124	thesis	"Izgradnja distribucije Linuxa korištenjem okoline Yocto"	"Šimić, Valerija"								
fer:1347	thesis	"Prijenosni sustav za električnu kapacitivnu tomografiju"	"Lasić, Ivan"								
fer:1291	thesis	"Poravnanje RNA očitanja na poznate gene"	"Krpelnik, Ivan"								
fer:2146	thesis	"Stablo Bloomovih filtara za spremanje sljedova"	"Škugor, Luka"								
fer:4530	thesis	"Sustav potpore odlučivanju za predviđanje i optimalnu nabavu"	"Miculinić, Neven"								
fer:1551	thesis	"Međuprocesna komunikacija temeljena na redovima poruka"	"Mihelčić, Velimir"								
fer:1475	thesis	"Programska potpora za analizu značajki fizioloških reakcija na emocionalne podražaje primjenom statističkih metoda i strojnog učenja"	"Marković, Tomislav"								
fer:2352	thesis	"Analiza metagenomskog uzorka dobivenog sekvenciranjem tehnologijom nanopora u realnom vremenu"	"Vujević, Ivan"								
fer:1553	thesis	"Odredivost nultog pacijenta ovisno o njegovoj poziciji u mreži"	"Miholić, Iva"								
fer:1642	thesis	"Implementacija web poslužitelja u programskom jeziku Erlang"	"Nenadić, Mate"								
fer:1224	thesis	"De novo sastavljanje genoma koristeći dugačka očitanja s velikom pogreškom"	"Kostelac, Mario"								
fer:4859	dissertation	"Algorithms for de novo genome assembly from third generation sequencing data"	"Sović, Ivan"								
fer:2166	thesis	"EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja"	"Šterbić, Luka"								
fer:1001	thesis	"Reducirana baza gena za precizno određivanje vrsta"	"Humski, Dorija"								
fer:1900	thesis	"Alat za poravnanje dugačkih očitanja"	"Ratković, Marko"								
fer:401	thesis	"Generiranje konsenzusnog slijeda iz grafova djelomično uređenih višestrukih poravnanja"	"Baćac, Adriano"								
fer:957	thesis	"Poboljšano sufiksno polje"	"Hadviger, Antea"								
fer:1960	thesis	"Rekonstrukcija filogenetskog stabla koristeći metodu maksimalne uštede uz razgranaj-ograniči optimizaciju"	"Selak, Ana Marija"								
fer:1522	thesis	"Rekonstrukcija filogenetskog stabla koristeći metodu udruživanja susjeda"	"Megla, Lucija"								
fer:2099	thesis	"Sufiksno stablo"	"Šebrek, Tomislav"								
fer:1454	thesis	"Alat za mapiranje dugih očitanja dobivenih RNA sekvenciranjem"	"Marić, Josip"								
fer:2279	thesis	"De novo sastavljanje transkriptoma"	"Vaser, Robert"								
fer:1729	thesis	"Identifikacija RNA izoformi iz grafa transkripata"	"Pavlović, Dario"								
fer:677	thesis	"Popravljanje postojećih genoma koristići dugačka očitanja s velikom greškom"	"Čulinović, Marko"								
fer:4408	thesis	"Alat za globalno poravnavanje sekvenci"	"Žužić, Goran"								
fer:4934	dissertation	"Statistical inference algorithms for epidemic processes on complex networks"	"Antulov-Fantulin, Nino"								
fer:2154	thesis	"C/C++ biblioteka za dinamičko programiranje korištenjem SIMD instrukcija"	"Šošić, Martin"								
fer:2443	thesis	"Alat za poravnavanje genoma"	"Žuljević, Petar"								
fer:1827	thesis	"Sklopovska implementacija postupaka za poravnanje genoma"	"Polović, Marko"								
fer:2183	thesis	"Steganografija i vodeni žig u zaštiti digitalnih fotografija"	"Šumiga, Sandra"								
fer:348	thesis	"Alat za brzo pretraživanje baza proteinskih slijedova"	"Vujević, Ivan"								
fer:224	thesis	"Širenje informacija u društvenim mrežama"	"Miholić, Iva"								
fer:1090	thesis	"Alat za mapiranje podataka dobivenih RNA sekvenciranjem"	"Jerković, Igor"								
fer:763	thesis	"De novo sastavljanje metagenomskih podataka korištenjem grupiranja podataka temeljenih na Bayesovom modelu"	"Dvorničić, Mirta"								
fer:2155	thesis	"Određivanje patogenih vrsta iz RNA sekvenciranih podataka"	"Šošić, Matija"								
fer:1886	thesis	"Pojednostavljenje grafa preklapanja"	"Rahle, Bruno"								
fer:2446	thesis	"Računalne metode za poboljšanje i validaciju sastavljenih genoma"	"Županović, Vanessa"								
irb:40	dataset	"Detectability limits of epidemic sources in networks"	"Antulov-Fantulin, Nino; Lančić, Alen; Štefančić, Hrvoje; Šmuc, Tomislav; Šikić, Mile"								
fer:5332	dissertation	"Optimiranje sigurnosnih pravila vatrozida"	"Katić, Tihomir"								
fer:5307	dissertation	"Poboljšani algoritam za izbor i provjeru kvalitete najboljih multivarijacijskih modela odnosa strukture i svojstava molekula"	"Papeš Šokčević, Lidija"								
fer:6873	dissertation	"Računalna metoda za predviđanje mjesta proteinske interakcije"	"Šikić, Mile"								
fer:5110	dissertation	"Modeli naplate sadržaja u mobilnim paketskim mrežama"	"Šikić, Mile"