@article{fer:13359,
	author = {{Chen, Ying and Davidson, Nadia M. and Wan, Yuk Kei and Yao, Fei and Su, Yan and Gamaarachchi, Hasindu and Sim, Andre and Patel, Harshil and Low, Hwee Meng and Hendra, Christopher and Wratten, Laura and Hakkaart, Christopher and Sawyer, Chelsea and Iakovleva, Viktoriia and Lee, Puay Leng and Xin, Lixia and Ng, Hui En Vanessa and Loo, Jia Min and Ong, Xuewen and Ng, Hui Qi Amanda and Wang, Jiaxu and Koh, Wei Qian Casslynn and Poon, Suk Yeah Polly and Stanojevic, Dominik and Tran, Hoang-Dai and Lim, Kok Hao Edwin and Toh, Shen Yon and Ewels, Philip Andrew and Ng, Huck-Hui and Iyer, N. Gopalakrishna and Thiery, Alexandre and Chng, Wee Joo and Chen, Leilei and DasGupta, Ramanuj and Sikic, Mile and Chan, Yun-Shen and Tan, Boon Ooi Patrick and Wan, Yue and Tam, Wai Leong and Yu, Qiang and Khor, Chiea Chuan and Wüstefeld, Torsten and Lezhava, Alexander and Pratanwanich, Ploy N. and Love, Michael I. and Goh, Wee Siong Sho and Ng, Sarah B. and Oshlack, Alicia and Iyer, N. Gopalakrishna and Yu, Qiang and Göke, Jonathan}},
	title = {{A systematic benchmark of Nanopore long-read RNA sequencing for transcript-level analysis in human cell lines}},
}
@mastersthesis{fer:12833,
	author = {{Vučenik, Filip}},
	title = {{Preklapanje visoko pouzdanih očitanja diploidnih ili poliploidnih organizama}},
}
@mastersthesis{fer:12839,
	author = {{Vuković, Franjo}},
	title = {{Klasifikacija roditeljskog porijekla genetskih sekvenci pomoću k-mera}},
}
@article{mef:10155,
	author = {{Sedlic, Filip and Sertić, Jadranka and Markotić, Alemka and Primorac, Dragan and Slavica, Anita and Zibar, Lada and Vlahoviček, Kristian and Kušec, Vesna and Barić, Ivo and Paar, Vladimir and Borovečki, Fran and Žmak, Ljiljana and Kurolt, Ivan-Christian and Canki-Klain, Nina and Roksandić, Sunčana and Rinčić, Iva and Jurić, Hrvoje and Škaro, Vedrana and Marjanović, Damir and Projić, Petar and Primorac, Damir and Starčević, Antonio and Vujaklija, Dušica and Šikić, Mile and Križanović, Krešimir and Gamulin, Stjepan}},
	title = {{The Applied Genomics Development Strategy by the Croatian Academy of Sciences and Arts paves the way for the future development of applied genomics in Croatia}},
}
@mastersthesis{fer:11655,
	author = {{Unković, Ivan}},
	title = {{Ablacija dubokih neuronskih mreža za predviđanje epigenetskih modifikacija}},
}
@mastersthesis{fer:11503,
	author = {{Pintarić, Matija}},
	title = {{Aktivno učenje za detekciju rijetkih epigenetskih modifikacija}},
}
@mastersthesis{fer:11328,
	author = {{Kocijan, Martin Josip}},
	title = {{Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:11332,
	author = {{Kolić, Jan}},
	title = {{Graf neuronske mreže za de novo sastavljanje genoma}},
}
@mastersthesis{fer:11226,
	author = {{Gaćina, Katarina}},
	title = {{Graf neuronske mreže za traženje Hamiltonovog puta}},
}
@mastersthesis{fer:9500,
	author = {{Martinović, Ivona}},
	title = {{Kombiniranje informacija o strukturi proteina i RNA u razvoju nove funkcije bodovanje temeljene na dubokom učenju}},
}
@mastersthesis{fer:9073,
	author = {{Pongračić, Kristijan}},
	title = {{Klasifikacija mikroba uporabom dubokog učenja}},
}
@mastersthesis{fer:10196,
	author = {{Wolf, Filip}},
	title = {{Korištenje graf neuronskih mreža za odvajanje haplotipa u grafovima sastavljanja}},
}
@mastersthesis{fer:8361,
	author = {{Kosier, Sanja}},
	title = {{Metoda za mapiranje bisulfitno tretiranih očitanja na genom}},
}
@mastersthesis{fer:9694,
	author = {{Yatsukha, Roman}},
	title = {{Metoda za sastavljanje genoma temeljena na De Bruijn grafovima i minimizatorima}},
}
@mastersthesis{fer:9076,
	author = {{Požega, Luka}},
	title = {{Otkrivanje lažno pozitivnih i lažno negativnih preklapanja u grafu sastavljanja}},
}
@mastersthesis{fer:9291,
	author = {{Brekalo, Tvrtko}},
	title = {{Popravljanje grešaka u očitanjima čuvajući informaciju o haploidu}},
}
@mastersthesis{fer:9994,
	author = {{Meter, Josip}},
	title = {{Poboljšanje djelomično sastavljenog genoma pomoću statističke analize Hi-C očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:8620,
	author = {{Šarić, Jelena}},
	title = {{Vrednovanje modela za predikciju udaljenosti između RNA atoma}},
}
@mastersthesis{fer:9757,
	author = {{Briševac, Zvonimir}},
	title = {{Aplikacija za analizu bioinformatičkih podataka pomoću vanjskih alata}},
}
@mastersthesis{fer:8541,
	author = {{Pratljačić, Suzana}},
	title = {{Brzo preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:8401,
	author = {{Lipovac, Josipa}},
	title = {{Detekcija grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora}},
}
@mastersthesis{fer:10077,
	author = {{Ranogajec, Daniel}},
	title = {{Aplikacija za pohranu bioinformatičkih podataka u sustavu PostgreSQL}},
}
@mastersthesis{fer:10113,
	author = {{Staver, Mauro}},
	title = {{Brzo poravnanje visoko pouzdanih dugačkih očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:10079,
	author = {{Rašić, Marin}},
	title = {{Poopćenje algoritma za poravnanje parcijalnog uređaja}},
}
@mastersthesis{fer:9900,
	author = {{Klabučar, Ivan}},
	title = {{Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma}},
}
@mastersthesis{fer:8143,
	author = {{Bakić, Sara}},
	title = {{Brzo prepoznavanje mikroba uporabom dubokog učenja}},
}
@mastersthesis{fer:9053,
	author = {{Pavlić, Stanislav}},
	title = {{Metoda za pretvaranje signala dobivenog sekvenciranjem nanoporama u niz nukleotida}},
}
@mastersthesis{fer:8519,
	author = {{Penić, Rafael Josip}},
	title = {{Model dubokog učenja pore za sekvenciranje nanoporama}},
}
@mastersthesis{fer:8226,
	author = {{Deur, Sanja}},
	title = {{Određivanje modificiranih nukleotida koristeći sekvenciranje nanoporama i duboko učenje}},
}
@mastersthesis{fer:8146,
	author = {{Baksa, Mirna}},
	title = {{Prepoznavanje mikroba uporabom dubokog učenja}},
}
@mastersthesis{fer:9290,
	author = {{Brekalo, Tvrtko}},
	title = {{De novo sastavljanje mikrobnih zajednica koristeći tehnologiju za očitanje DNA treće generacije}},
}
@mastersthesis{fer:9395,
	author = {{Jurić, Matija}},
	title = {{Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA}},
}
@mastersthesis{fer:9333,
	author = {{Frajlić, Nera}},
	title = {{Pronalaženje varijanti gena grupiranjem pomoću algoritama dinamičkog programiranja}},
}
@mastersthesis{fer:8695,
	author = {{Vrlec, Jan}},
	title = {{Vizualizacija podataka dobivenih sekvenciranjem RNA}},
}
@mastersthesis{fer:8266,
	author = {{Gambiraža, Mate}},
	title = {{Prepoznavanje osoba i njihovih emocija u humanoidnom robotu}},
}
@mastersthesis{fer:8141,
	author = {{Babojelić, Dario}},
	title = {{Preklapanje visoko pouzdanih jednomolekularnih očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:8508,
	author = {{Paulinović, Mate}},
	title = {{Prepoznavanje mikroba uporabom obrade signala i lokalno osjetljivog raspršenog adresiranja}},
}
@mastersthesis{fer:8094,
	author = {{Šaravanja, Matej}},
	title = {{Sustav za praćenje ispitanika tijekom pretraživanja Google tražilicom}},
}
@mastersthesis{fer:10195,
	author = {{Wolf, Filip}},
	title = {{Popravljanje djelomično sastavljenoga genoma pomoći Hi-C očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:9693,
	author = {{Yatsukha, Roman}},
	title = {{De novo sastavljanje diploidnih genoma koristeći tehnologiju za očitanje DNA treće generacije}},
}
@mastersthesis{fer:9499,
	author = {{Martinović, Ivona}},
	title = {{Protočna struktura za detekciju grupa modificiranih nukleotida u očitanjima RNA dobivenih metodom nanopora}},
}
@mastersthesis{fer:9035,
	author = {{Osredek, Nikola}},
	title = {{Vizualizacija podataka dobivenih sekvenciranjem DNA}},
}
@mastersthesis{fer:5836,
	author = {{Fureš, Matej}},
	title = {{Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:6284,
	author = {{Penić, Rafael Josip}},
	title = {{Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:6529,
	author = {{Vrček, Lovro}},
	title = {{Poliranje DNA slijeda koristeći metode dubokog učenja}},
}
@mastersthesis{fer:5629,
	author = {{Bakić, Sara}},
	title = {{De novo sastavljanje genoma vođeno referencom}},
}
@mastersthesis{fer:6330,
	author = {{Požega, Luka}},
	title = {{Gornja granica u sastavljanju genoma}},
}
@mastersthesis{fer:6367,
	author = {{Relić, Borna}},
	title = {{Klasifikacija očitanja koristeći metode dubokog učenja}},
}
@mastersthesis{fer:5781,
	author = {{Deur, Sanja}},
	title = {{Korištenje referentne baze za predviđanje plazmida}},
}
@mastersthesis{fer:6323,
	author = {{Pongračić, Kristijan}},
	title = {{Mapiranje dugačkih očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:6267,
	author = {{Pavlić, Stanislav}},
	title = {{Mapiranje kratkih očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:5652,
	author = {{Batić, Dominik}},
	title = {{Mapiranje slijeda na graf}},
}
@mastersthesis{fer:6073,
	author = {{Lipovac, Josipa}},
	title = {{Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima}},
}
@mastersthesis{fer:6007,
	author = {{Kosier, Sanja}},
	title = {{Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem}},
}
@mastersthesis{fer:5827,
	author = {{Floreani, Filip}},
	title = {{Identifikacija tipova 1D-signala dubokog učenja}},
}
@mastersthesis{fer:6381,
	author = {{Rupe, Marina}},
	title = {{Rani probir za otkrivanje preeklampsije}},
}
@phdthesis{fer:6639,
	author = {{Vaser, Robert}},
	title = {{Algorithms for de novo assembly of large genomes.}},
}
@phdthesis{fer:6652,
	author = {{Piškorec, Matija}},
	title = {{Statistical inference of exogenous and endogenous information propagation in social networks.}},
}
@mastersthesis{fer:3110,
	author = {{Jurić, Antonio}},
	title = {{Poboljšanje sastavljenih genoma metodama dubokog učenja}},
}
@mastersthesis{fer:3697,
	author = {{Paulinović, Mate}},
	title = {{Naučene indeksne strukture}},
}
@mastersthesis{fer:2490,
	author = {{Babojelić, Dario}},
	title = {{Brzo pretraživanje sličnih proteinskih sljedova}},
}
@mastersthesis{fer:4305,
	author = {{Vršnak, Donik}},
	title = {{Landau-Vishkin-Nussinov algoritam za poravnanje dva niza}},
}
@mastersthesis{fer:2507,
	author = {{Baksa, Mirna}},
	title = {{Mobilna aplikacija za prikupljanje podataka o korisničkoj aktivnosti}},
}
@mastersthesis{fer:4001,
	author = {{Sodić, Filip}},
	title = {{Približni algoritam za brzo računanje poravnanja dvaju dugačkih nizova}},
}
@mastersthesis{fer:4267,
	author = {{Vidošević, Maja}},
	title = {{Raspoznavanje objekata na pametnom telefonu primjenom konvolucijskih neuronskih mreža}},
}
@mastersthesis{fer:4069,
	author = {{Šaravanja, Matej}},
	title = {{Sustav za pohranu DNA}},
}
@mastersthesis{fer:4129,
	author = {{Škugor, Luka}},
	title = {{De novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:3531,
	author = {{Miculinić, Neven}},
	title = {{Model dubokog učenja s kraja na kraj za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION}},
}
@mastersthesis{fer:3291,
	author = {{Krpelnik, Ivan}},
	title = {{Popunjavanje rupa sastavljenih genoma pomoću dugačkih očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:4405,
	author = {{Žuljević, Petar}},
	title = {{Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja}},
}
@mastersthesis{fer:3951,
	author = {{Selak, Ana Marija}},
	title = {{Skriveni Markovljev model za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION}},
}
@mastersthesis{fer:2619,
	author = {{Bradač, Mislav}},
	title = {{Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja}},
}
@mastersthesis{fer:3521,
	author = {{Megla, Lucija}},
	title = {{Algoritam za računanje profila pogreške za tehnologije za sekvenciranje treće generacije}},
}
@mastersthesis{fer:3936,
	author = {{Rupe, Marina}},
	title = {{Analiza metagenomskog uzorka dobivenog sekvenciranjem koristeći uređaje treće generacije}},
}
@mastersthesis{fer:4196,
	author = {{Tomljanović, Jan}},
	title = {{Identifikacija tipova 1D-signala pomoću nenadziranog dubokog učenja}},
}
@mastersthesis{fer:4087,
	author = {{Šebrek, Tomislav}},
	title = {{Identifikacija tipova 1D-signala pomoću polu-nadziranog dubokog učenja}},
}
@mastersthesis{fer:2494,
	author = {{Baćac, Adriano}},
	title = {{Klasifikacija bioloških anotacija na velikoj skali koristeći reprezentacije riječi izvedene iz dokumenata biomedicinske znanstvene literature}},
}
@mastersthesis{fer:3888,
	author = {{Ratković, Marko}},
	title = {{Model dubokog učenja za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION}},
}
@mastersthesis{fer:2854,
	author = {{Floreani, Filip}},
	title = {{Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma}},
}
@mastersthesis{fer:2565,
	author = {{Bestvina, Ivan}},
	title = {{Utjecaj susjeda na vlastito mišljenje}},
}
@mastersthesis{fer:3333,
	author = {{Kutnjak, Mateo}},
	title = {{dna2vec: vektorska reprezentacija k-torki različite duljine}},
}
@mastersthesis{fer:1116,
	author = {{Jurić, Antonio}},
	title = {{Poravnanje dugačkih RNA očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:2124,
	author = {{Šimić, Valerija}},
	title = {{Izgradnja distribucije Linuxa korištenjem okoline Yocto}},
}
@mastersthesis{fer:1347,
	author = {{Lasić, Ivan}},
	title = {{Prijenosni sustav za električnu kapacitivnu tomografiju}},
}
@mastersthesis{fer:1291,
	author = {{Krpelnik, Ivan}},
	title = {{Poravnanje RNA očitanja na poznate gene}},
}
@mastersthesis{fer:2146,
	author = {{Škugor, Luka}},
	title = {{Stablo Bloomovih filtara za spremanje sljedova}},
}
@mastersthesis{fer:4530,
	author = {{Miculinić, Neven}},
	title = {{Sustav potpore odlučivanju za predviđanje i optimalnu nabavu}},
}
@mastersthesis{fer:1551,
	author = {{Mihelčić, Velimir}},
	title = {{Međuprocesna komunikacija temeljena na redovima poruka}},
}
@mastersthesis{fer:1475,
	author = {{Marković, Tomislav}},
	title = {{Programska potpora za analizu značajki fizioloških reakcija na emocionalne podražaje primjenom statističkih metoda i strojnog učenja}},
}
@mastersthesis{fer:2352,
	author = {{Vujević, Ivan}},
	title = {{Analiza metagenomskog uzorka dobivenog sekvenciranjem tehnologijom nanopora u realnom vremenu}},
}
@mastersthesis{fer:1553,
	author = {{Miholić, Iva}},
	title = {{Odredivost nultog pacijenta ovisno o njegovoj poziciji u mreži}},
}
@mastersthesis{fer:1642,
	author = {{Nenadić, Mate}},
	title = {{Implementacija web poslužitelja u programskom jeziku Erlang}},
}
@mastersthesis{fer:1224,
	author = {{Kostelac, Mario}},
	title = {{De novo sastavljanje genoma koristeći dugačka očitanja s velikom pogreškom}},
}
@phdthesis{fer:4859,
	author = {{Sović, Ivan}},
	title = {{Algorithms for de novo genome assembly from third generation sequencing data}},
}
@mastersthesis{fer:2166,
	author = {{Šterbić, Luka}},
	title = {{EAGLER - Popravljanje već sastavljenih genoma koristeći dugačka očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:1001,
	author = {{Humski, Dorija}},
	title = {{Reducirana baza gena za precizno određivanje vrsta}},
}
@mastersthesis{fer:1900,
	author = {{Ratković, Marko}},
	title = {{Alat za poravnanje dugačkih očitanja}},
}
@mastersthesis{fer:401,
	author = {{Baćac, Adriano}},
	title = {{Generiranje konsenzusnog slijeda iz grafova djelomično uređenih višestrukih poravnanja}},
}
@mastersthesis{fer:957,
	author = {{Hadviger, Antea}},
	title = {{Poboljšano sufiksno polje}},
}
@mastersthesis{fer:1960,
	author = {{Selak, Ana Marija}},
	title = {{Rekonstrukcija filogenetskog stabla koristeći metodu maksimalne uštede uz razgranaj-ograniči optimizaciju}},
}
@mastersthesis{fer:1522,
	author = {{Megla, Lucija}},
	title = {{Rekonstrukcija filogenetskog stabla koristeći metodu udruživanja susjeda}},
}
@mastersthesis{fer:2099,
	author = {{Šebrek, Tomislav}},
	title = {{Sufiksno stablo}},
}
@mastersthesis{fer:1454,
	author = {{Marić, Josip}},
	title = {{Alat za mapiranje dugih očitanja dobivenih RNA sekvenciranjem}},
}
@mastersthesis{fer:2279,
	author = {{Vaser, Robert}},
	title = {{De novo sastavljanje transkriptoma}},
}
@mastersthesis{fer:1729,
	author = {{Pavlović, Dario}},
	title = {{Identifikacija RNA izoformi iz grafa transkripata}},
}
@mastersthesis{fer:677,
	author = {{Čulinović, Marko}},
	title = {{Popravljanje postojećih genoma koristići dugačka očitanja s velikom greškom}},
}
@mastersthesis{fer:4408,
	author = {{Žužić, Goran}},
	title = {{Alat za globalno poravnavanje sekvenci}},
}
@phdthesis{fer:4934,
	author = {{Antulov-Fantulin, Nino}},
	title = {{Statistical inference algorithms for epidemic processes on complex networks}},
}
@mastersthesis{fer:2154,
	author = {{Šošić, Martin}},
	title = {{C/C++ biblioteka za dinamičko programiranje korištenjem SIMD instrukcija}},
}
@mastersthesis{fer:2443,
	author = {{Žuljević, Petar}},
	title = {{Alat za poravnavanje genoma}},
}
@mastersthesis{fer:1827,
	author = {{Polović, Marko}},
	title = {{Sklopovska implementacija postupaka za poravnanje genoma}},
}
@mastersthesis{fer:2183,
	author = {{Šumiga, Sandra}},
	title = {{Steganografija i vodeni žig u zaštiti digitalnih fotografija}},
}
@mastersthesis{fer:348,
	author = {{Vujević, Ivan}},
	title = {{Alat za brzo pretraživanje baza proteinskih slijedova}},
}
@mastersthesis{fer:224,
	author = {{Miholić, Iva}},
	title = {{Širenje informacija u društvenim mrežama}},
}
@mastersthesis{fer:1090,
	author = {{Jerković, Igor}},
	title = {{Alat za mapiranje podataka dobivenih RNA sekvenciranjem}},
}
@mastersthesis{fer:763,
	author = {{Dvorničić, Mirta}},
	title = {{De novo sastavljanje metagenomskih podataka korištenjem grupiranja podataka temeljenih na Bayesovom modelu}},
}
@mastersthesis{fer:2155,
	author = {{Šošić, Matija}},
	title = {{Određivanje patogenih vrsta iz RNA sekvenciranih podataka}},
}
@mastersthesis{fer:1886,
	author = {{Rahle, Bruno}},
	title = {{Pojednostavljenje grafa preklapanja}},
}
@mastersthesis{fer:2446,
	author = {{Županović, Vanessa}},
	title = {{Računalne metode za poboljšanje i validaciju sastavljenih genoma}},
}
@misc{irb:40,
	author = {{Antulov-Fantulin, Nino and Lančić, Alen and Štefančić, Hrvoje and Šmuc, Tomislav and Šikić, Mile}},
	title = {{Detectability limits of epidemic sources in networks}},
}
@phdthesis{fer:5332,
	author = {{Katić, Tihomir}},
	title = {{Optimiranje sigurnosnih pravila vatrozida}},
}
@phdthesis{fer:5307,
	author = {{Papeš Šokčević, Lidija}},
	title = {{Poboljšani algoritam za izbor i provjeru kvalitete najboljih multivarijacijskih modela odnosa strukture i svojstava molekula}},
}
@phdthesis{fer:6873,
	author = {{Šikić, Mile}},
	title = {{Računalna metoda za predviđanje mjesta proteinske interakcije}},
}
@phdthesis{fer:5110,
	author = {{Šikić, Mile}},
	title = {{Modeli naplate sadržaja u mobilnim paketskim mrežama}},
}