Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA

undergraduate thesis

• Title (english): Genome Scaffolding Based on HERA Algorithm
• Author: Matija Jurić
• Mentor: Krešimir Križanović (mentor)
• Committee member: Krešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
• Committee member: Mile Šikić (član povjerenstva)
• Committee member: Robert Vaser (član povjerenstva)
• Granter: University of Zagreb; Faculty of Electrical Engineering and Computing; Zagreb
• Defense date and country: 2020-09-15, Croatia
• Scientific / art field, discipline and subdiscipline: TECHNICAL SCIENCES; Computing

Abstract

Današnji uređaji za sekvenciranje nemaju mogućnosti sekvencirati cijele genome, već samo pročitati manje dijelove koji se nazivaju očitanja uz prisutnost određene količine pogreške u procesu. Budući da je sastavljanje cijelog genoma na temelju takvih očitanja jedan od osnovnih zadataka u bioinformatici, potrebno je moći što bolje sastaviti cijeli genom te minimizirati količinu pogrešaka nastalih tijekom procesa sastavljanja. Alati za sastavljanje genoma u mogućnosti su sastaviti samo manje dijelove većih genoma što rezultira djelomično sastavljenim fragmentiranim genomima. Za poboljšanje takvih djelomično sastavljenih genoma koriste se dodatni alati. U ovom radu koristimo poboljšanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na tri osnovna koraka algoritma HERA: generiranje grafa preklapanja, generiranje staza kroz graf te odabir najboljih staza u grafu za generiranje sekvenci. Rezultati takvog pristupa rješavanja problema djelomično sastavljenog genoma prikazani su na testnim podacima sekvenci.

Abstract (english)

Present sequencers are not capable of sequencing whole genomes but only smaller parts which are called reads, with a certain amount of error. Due to the fact that assembling whole genomes based on that kind of reads is one of the basic tasks in Bioinformatics, it is necessary to be able to assemble the whole genome while minimizing the amount of error created in the process of it. Tools for assembling genomes are capable of assembling only smaller parts of larger genomes which results in partially assembled fragmented genomes. We use additional tools for improving partially assembled fragmented genomes. In this paper we use three basic steps of the HERA algorithm for improving partially assembled fragmented genomes: generating overlap graph, generating paths in graph and picking the best paths in graph for generating sequences. Results of this approach for improving partially assembled fragmented genomes are shown on test sample sequences.

• Keywords: bioinformatika; sekvenciranje; genom; algoritam HERA
• Keywords (english): Bioinformatics; sequencing; genome; HERA algorithm
• Language: croatian
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:051737
• Study programme: Title: Computing; Study programme type: university; Study level: undergraduate; Academic / professional title: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva)
• Type of resource: Text
• File origin: Born digital
• Access conditions: Closed access
• Created on: 2023-01-14 09:02:24