Generiranje konsenzusnog slijeda iz grafova djelomično uređenih višestrukih poravnanja

undergraduate thesis

• Title (english): Generating consensus sequence using partially ordered multiple sequence alignment graphs
• Author: Adriano Baćac
• Mentor: Mile Šikić (mentor)
• Committee member: Mile Šikić (predsjednik povjerenstva)
• Committee member: Krešimir Križanović (član povjerenstva)
• Committee member: Andrej Novak (član povjerenstva)
• Granter: University of Zagreb; Faculty of Electrical Engineering and Computing; Zagreb
• Defense date and country: 2015-07-13, Croatia
• Scientific / art field, discipline and subdiscipline: TECHNICAL SCIENCES; Computing

Abstract

Za razliku od uobičajenih metoda dobivanja konsenzusa (koja mogu prikazati akcije supstitucije i dodavanja/brisanja), koristeći usmjerene grafove moguće je prikazati složenije promjene u evoluciji slijeda, kao što su translacija domene, duplikacija i rekombinacija. Implementacija ovog rada nudi mogućnost stvaranja više konsenzusnih sljedova iz grafova djelomično uređenih višestrukih poravnanja koristeći format zapisa programskog alata POA. Stvoreni konsenzusi nisu ograničeni na lokalne promjene zbog veće mogućnosti prikaza informacija pomoću usmjerenih grafova.

Abstract (english)

Unlike conventional methods of obtaining consensus (which can only display changes like substitution and addition / deletion), the use of partial
order multiple sequence alignment graphs allows more complex changes in the sequence evolution, such as translation of a domain , duplication and recombination. Implementation shown in this work offers the possibility to create multiple consensus sequences from graphs using the file format of the programming tool POA. The resulting consensuses are not limited to local changes, due to greater level of information stored in graphs used to represent multiple sequence alignment.

• Keywords: usmjereni graf; višestruko poravnanje; POA; konsenzus
• Keywords (english): ordered graph; multiple aligment; POA; consensus
• Language: croatian
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:685280
• Study programme: Title: Computing; Study programme type: university; Study level: undergraduate; Academic / professional title: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva)
• Type of resource: Text
• File origin: Born digital
• Access conditions: Closed access
• Created on: 2018-02-06 07:40:34