Web aplikacija za analizu bioinformatičkih podataka

master's thesis

• Title (english): Web Application for Bioinformatics Data Analysis
• Author: Zvonimir Briševac
• Mentor: Krešimir Križanović (mentor)
• Committee member: Krešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
• Committee member: Boris Milašinović (član povjerenstva)
• Committee member: Ana Sović Kržić (član povjerenstva)
• Granter: University of Zagreb; Faculty of Electrical Engineering and Computing; Zagreb
• Defense date and country: 2024-02-22, Croatia

Abstract

U ovom radu opisana je izrada web aplikacije za analizu bioinformatičkih podataka
i pokretanje bioinformatičkih procesa uz pomoć vanjskih alata kao što su: minimap2,
Flye, BCFtools i drugi. Aplikacija je napravljena kako bi premostila izazove s kojima se
korisnici susreću prilikom korištenja navedenih alata. Glavni izazovi prilikom korištenja
su nedostatak intuitivnog grafičkog sučelja, kompleksnost kombiniranja različitih alata
i procesa kako bi se dobili željeni rezultati te potreba za velikim računalnim resursima.
Aplikacija nudi intuitivno grafičko sučelje za pokretanje procesa, mogućnost pohrane
datoteka na udaljenom serveru, mogućnost grafičke analize rezultata pomoću IGV preglednika
te lakšu kontrolu i pregled svojih procesa i podataka.

Abstract (english)

This paper describes the development of aweb application for analyzing bioinformatics
data and running bioinformatics processes using external tools such as minimap2,
Flye, BCFtools, and others. The application was created to overcome challenges that
users face when using these tools. The main challenges include the lack of an intuitive
graphical interface, the complexity of combining different tools and processes to obtain
desired results, and the need for significant computational resources. The application
provides an intuitive graphical interface for process execution, the ability to store files
on a remote server, the option for graphical analysis of results using the IGV browser,
and easier control and review of processes and data.

• Keywords: bioinformatika; web; minimap2; BCFtools; Flye; SAMtools; IGV
• Keywords (english): bioinformatics; web; minimap2; BCFtools; Flye; SAMtools; IGV
• Language: croatian
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:432432
• Study programme: Title: Computing; Study programme type: university; Study level: graduate; Academic / professional title: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva)
• Type of resource: Text
• File origin: Born digital
• Access conditions: Closed access
• Created on: 2024-03-28 07:44:05