Grupiranje proteinskih sljedova u kontekstu određivanja evolucije genskih obitelji

master's thesis

• Title (english): Protein sequence clustering in the context of gene family evolution
• Author: Korina Šimičević
• Mentor: Mirjana Domazet-Lošo (mentor)
• Committee member: Mirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
• Committee member: Tomislav Jagušt (član povjerenstva)
• Committee member: Danijel Mlinarić (član povjerenstva)
• Granter: University of Zagreb; Faculty of Electrical Engineering and Computing; Zagreb
• Defense date and country: 2023-07-03, Croatia

Abstract

Grupiranje proteinskih sljedova igra bitnu ulogu u određivanju evolucije genskih obitelji, grupe proteina sa značajnom sličnosti slijedova za koje se smatra da dijele biološke funkcionalnosti. Kako bi se odredila evolucija genskih obitelji, potrebno je identificirati u kojem je trenutku obitelj nastala, i potencijalno, nestala.

U ovome sam radu istražila algoritme i alate koji se koriste za grupiranje proteinskih slijedova, metode temeljenje na filogeniji za odreživanje evolucije gena te metoda za modeliranje nastanka i gubitka genskih obitelji.

Naposljetku sam primjenila dvije mjere kako bih analizirala grupe (genske obitelji) koje su potvrdile robusnost obrasca nastanka i gubitka genskih obitelji.

Abstract (english)

In the context of gene family evolution, protein sequence clustering is vital in determining gene families, a group of proteins with significant sequence similarity presumed to share biochemical functions. To determine the gene family's evolution, it is essential to identify when the family originated, and potentially, when it was lost.

In this thesis, I explored different algorithms and tools used to cluster protein sequences, as well as phylogeny-based methods to study genomic evolution, and finally, different methods for modelling the gain and loss of gene families.

Ultimately, I applied two measures in order to analyse clusters (gene families), which confirmed the robustness of the obtained patterns of gene families' gain and loss.

• Keywords: MMseqs2; genska obitelj; grupiranje proteinskih slijedova; nastanak i gubitak gena; validacija grupiranja
• Keywords (english): MMseqs2; gene family; protein sequence clustering; gene gain and loss; cluster validation
• Language: english
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:310900
• Study programme: Title: Computing; Study programme type: university; Study level: graduate; Academic / professional title: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva)
• Type of resource: Text
• File origin: Born digital
• Access conditions: Closed access
• Created on: 2023-10-11 10:39:09