Aplikacija za vizualizaciju i manipulaciju bioinformatičkim podacima

master's thesis

• Title (english): Application for Visualization and Manipulation of Bioinformatics Data
• Author: Vid Jurić
• Mentor: Krešimir Križanović (mentor)
• Committee member: Krešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
• Committee member: Marko Subašić (član povjerenstva)
• Committee member: Boris Milašinović (član povjerenstva)
• Granter: University of Zagreb; Faculty of Electrical Engineering and Computing; Zagreb
• Defense date and country: 2023-07-11, Croatia

Abstract

Zadnjih dvadeset godina donijelo je značajan napredak u području tehnologija za sekvenciranje, kako u kvaliteti
proizvedenih podataka, tako i u dostupnosti i pristupačnosti sekvenciranja. Usporedno su postale dostupne i
velike količine bioinformatičkih podataka kroz nekoliko značajnih baza podataka kao što su NCBI RefSeq,
Ensembl i ENA. Zbog izrazito velike količine podataka, vizualizacija je neophodna.

U sklopu ovog rada potrebno je napisati aplikaciju za vizualizaciju različitih vrsta bioinformatičkih podataka koje će omogućiti i manipulaciju tim podacima. Potrebno je vizualizirati podatke o referentnim genomima (FASTA format),
mapiranja i poravnanja (SAM i BAM formati), varijante (VCF format) te anotacije gena (GFF, GTF, BED formati).
Aplikacija treba omogućiti i operacije za izmjenu i filtriranje podataka kao i snimanje izmijenjenih/filtriranih
podataka. Potrebno je implementirati sljedeće operacije: Filtriranje svih vrsta podataka prema poziciji i kvaliteti,
kopiranje pojedinih podataka u međuspremnik, filtriranje varijanti po dodatnim kriterijima te primjenu varijanti na
referencu.

Rješenje treba biti napisano kao web aplikacija. Programski kod je potrebno komentirati i pri pisanju
pratiti neki od standardnih stilova. Napisati iscrpne upute za instalaciju i izvođenje.

Abstract (english)

Sequencing technology has advanced significantly during the past 20 years, both in terms of the quality of the data produced and in terms of its availability and accessibility. Large amounts of bioinformatic data were also made available at the same time through a number of significant databases, including NCBI RefSeq, Ensemble, and ENA. Visualization is crucial because of the vast amount of data.

The goal of this assignment is to write an application for viewing various forms of bioinformatics data and manipulating that data. Reference genomes (in FASTA format), mappings and alignments (in SAM and BAM formats), variations (in VCF format), and gene annotations (in GFF, GTF, and BED formats) must all be visualized. The application must also support operations that modify and filter data, as well as the recording of such operations. The following procedures must be implemented: sorting all types of data by location and quality; copying specific pieces of data to the clipboard; sorting variants by additional criteria; and applying variations to references.

The final solution should be a web application. Programming code must be well documented and should follow some common writing styles. A detailed installation and usage instruction must also be written.

• Keywords: Web aplikacija; Spring Boot; Java; React; igv.js; PostgreSQL; MongoDB; bioinformatika
• Keywords (english): Web application; Spring Boot; Java; React; igv.js; PostgreSQL; MongoDB; bioinformatics
• Language: croatian
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:933337
• Study programme: Title: Computing; Study programme type: university; Study level: graduate; Academic / professional title: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva)
• Type of resource: Text
• File origin: Born digital
• Access conditions: Closed access
• Created on: 2023-10-11 09:12:49