Mobilna aplikacija za vizualizaciju bioinformatičkih algoritama

master's thesis

• Title (english): Mobile Application for Bioinformatic Algorithm Visualisation
• Author: Mario Gavrić
• Mentor: Krešimir Križanović (mentor)
• Committee member: Krešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
• Committee member: Boris Milašinović (član povjerenstva)
• Committee member: Mirjana Domazet-Lošo (član povjerenstva)
• Granter: University of Zagreb; Faculty of Electrical Engineering and Computing; Zagreb
• Defense date and country: 2024-02-22, Croatia

Abstract

U ovom diplomskom radu razvijena je mobilna aplikacija za vizualizaciju ključnih bioinformatičkih algoritama, s naglaskom na poboljšanju edukativnog procesa. Aplikacija omogućuje interaktivno učenje kroz vizualne prikaze, olakšavajući studentima razumijevanje kompleksnih koncepata. Rad detaljno opisuje procese i mehanizme koji stoje iza algoritama globalnog poravnanja, lokalnog poravnanja, izgradnje sufiksnog stabla, FM-indexa i minimizatora. Aplikacija je dizajnirana da bude intuitivna i pristupačna, s ciljem poboljšanja edukacijskog iskustva u području bioinformatike. Rad također istražuje ograničenja postojeće implementacije i predlaže putanje za buduća poboljšanja i primjene u akademskim i istraživačkim okruženjima.

Abstract (english)

This thesis develops a mobile application for visualizing key bioinformatics algorithms, focusing on enhancing the educational process. The application enables interactive learning through visual representations, aiding students in comprehending complex concepts. It elaborates on the processes and mechanisms behind the global alignment, local alignment, suffix tree construction, FM-index, and minimizers algorithms. Designed for intuitiveness and accessibility, it aims to enrich the educational experience in bioinformatics. Additionally, the work explores limitations of the current implementation and suggests avenues for future enhancements and applications in academic and research settings.

• Keywords: bioinformatika; vizualizacija algoritama; android; edukativna aplikacija; interaktivno učenje; globalno poravnanje; lokalno poravnanje; sufiksna stabla; FM indeks; minimizatori
• Keywords (english): bioinformatics; algorithm visualization; android; educational application; interactive learning; global alignment; local alignment; suffix trees; FM index; minimizers
• Language: croatian
• URN:NBN: urn:nbn:hr:168:747444
• Study programme: Title: Computing; Study programme type: university; Study level: graduate; Academic / professional title: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva)
• Type of resource: Text
• File origin: Born digital
• Access conditions: Closed access
• Created on: 2024-10-12 20:38:07